Bolsa de TT-IV em Genômica Comparada

Level 4-Technical Training Fellowship in Comparative Genomics

• Atividades e contexto Activities and context

  O AEON Lab (Adaptive Evolution of Novelty Lab) do Departamento de Genética e Biologia Evolutiva do Instituto de Biociências da USP oferece uma Bolsa FAPESP de Treinamento Técnico nível quatro (TT-IV) vinculada ao Projeto Temático. O(a) bolsista terá papel central na implantação e manutenção da infraestrutura computacional do laboratório, dando suporte a pesquisas intensivas em dados nas áreas de genômica, biologia de single-cell. Suas responsabilidades incluirão a administração dos recursos computacionais de pesquisa, o desenvolvimento de fluxos de trabalho bioinformáticos reprodutíveis, o gerenciamento de grandes conjuntos de dados e o suporte a análises genômicas e transcriptômicas no âmbito de diversos projetos colaborativos internacionais.

  The Adaptive Evolution of Novelty Lab (AEON Lab), Department of Genetics and Evolutionary Biology, University of São Paulo (USP), invites applications for a FAPESP TT-4 fellowship within the InTheGra project. The fellow will play a central role in establishing and maintaining the laboratory’s computational infrastructure, supporting data-intensive research in genomics and single-cell biology. Responsibilities will include administration of research computing resources, development of reproducible bioinformatic workflows, management of large-scale datasets, and support for genomic and transcriptomic analyses within several international collaborative projects.

• Requisitos obrigatórios Mandatory requirements

  - Mestrado ou experiência equivalente em Bioinformática, Ciência da Computação, Computação Científica ou, alternativamente, Biologia Computacional ou áreas afins.

  - Experiência na administração de servidores Linux e/ou ambientes de computação de alto desempenho (HPC).

  - Experiência com sistemas de armazenamento de dados, soluções de backup e administração de NAS.

  - Experiência com gerenciamento de bancos de dados e soluções para armazenamento de grandes volumes de dados.

  - Experiência com ambientes Linux e ferramentas de linha de comando.

  - Conhecimentos de programação em Bash, Python e/ou R.

  • MSc degree or equivalent experience in Bioinformatics, Computer Science, Scientific Computing, or alternatively Computational Biology and related field.

  • Experience administering Linux servers and/or high-performance computing (HPC) environments.

  • Experience with data storage systems, backup solutions and NAS administration.

  • Experience with database management and large-scale data storage solutions.

  • Experience with Linux environments and command-line tools.

  • Programming skills in Bash, Python and/or R.

• Requisitos desejáveis Desirable requirements

  - Experiência com tecnologias de conteinerização (por exemplo, Docker, Singularity ou Apptainer).

  - Experiência em desenvolvimento e automação de softwares científicos.

  - Experiência com sistemas de controle de versão (por exemplo, Git).

  - Experiência com conjuntos de dados genômicos e/ou transcriptômicos.

  -  Experiência no suporte a pesquisadores em ambientes computacionais multiusuário.

  • Experience with container technologies (e.g. Docker, Singularity, Apptainer).

  • Experience with scientific software development and automation.

  • Experience with version control systems (e.g. Git).

  • Experience with genomic and/or transcriptomic datasets.

  • Experience supporting researchers in a multi-user computational environment.

• Como se candidatar How to apply

  - Currículo atualizado (preferencialmente incluindo contatos de orientadores ou supervisores anteriores);

  - Carta de motivação/apresentação (máximo de uma página);

  - Contato de duas referências acadêmicas ou profissionais.

  • Curriculum Vitae (preferably including contact details of previous supervisors).

  • Motivation/cover letter (1 page).

  • Contact information for two references.