Bolsa de TT-V em Genética Molecular de Leishmania / Bioinformática

Level 5-Technical Training Fellowship in Molecular Genetics of Leishmania / Bioinformatics

• Atividades e contexto Activities and context

  O bolsista de Treinamento Técnico nível cinco (TT-V) atuará na integração de dados de parasitos geneticamente modificados (em sistema de high-throughput [HTP] com barcoding) para diferentes RNA não-codificadores com o objetivo de buscar indícios sobre a função deles. Dentre as tarefas previstas estão: criação e otimização de pipelines para suporte ao processo de geração e análise dos parasitos gerados por HTP, análise de expressão diferencial, análise de redes e predição de interações, análise de conservação de sequência e de estrutura, e transferência de anotação entre espécies.

  The successful candidate will contribute to the integration and analysis of data generated from genetically modified parasites carrying different non-coding RNAs, using a high-throughput (HTP) barcoding system, with the aim of uncovering their biological functions. The fellow is expected to perform the following tasks: developing and optimizing computational pipelines to support the generation and analysis of HTP-derived parasite datasets; differential gene expression analysis; network analysis and interaction prediction; sequence and structural conservation analyses; annotation transfer across Leishmania species.

• Requisitos obrigatórios Mandatory requirements

  Mínimo de cinco anos de experiência ou título de doutor em Bioinformática. Domínio de ambiente Unix. Fluência em pelo menos uma linguagem de programação comumente empregada em Bioinformática (ex.: R, Python). Experiência em análise de dados de sequenciamento de nova geração (ex.: DNA-seq, RNA-Seq, ChIP-seq, RIP-seq). Criação e otimização de pipelines de suporte para as análises de HTP. Experiência em análise de redes e predição de interações (RNA-RNA, RNA-proteína e proteína-proteína). Fluência na língua inglesa.

  A PhD in Bioinformatics or at least five years of professional experience in Bioinformatics. Proficiency in a Unix/Linux environment. Fluency in at least one programming language commonly used in Bioinformatics (e.g., R or Python). Experience in the analysis of next-generation sequencing (NGS) data, such as DNA-seq, RNA-seq, ChIP-seq, or RIP-seq. Experience in developing and optimizing computational pipelines for high-throughput data analysis. Experience with network analysis and interaction prediction (RNA–RNA, RNA–protein, and protein–protein interactions). Proficiency in English.

• Requisitos desejáveis Desirable requirements

  Experiência em Genômica/Transcriptômica comparada. Conhecimento da biologia de Leishmania. Conhecimentos de técnicas de biologia molecular e manipulação genômica (ex.: CRISPR-Cas).

  Experience in comparative genomics and/or transcriptomics. Knowledge of Leishmania biology. Experience with molecular biology techniques and genome engineering approaches (e.g., CRISPR-Cas).

• Como se candidatar How to apply

  Enviar e-mail com o assunto “Bolsa de TT-V em RNAs não-codificadores em Leishmania” para a Profª Angela Kaysel Cruz (akcruz@fmrp.usp.br) anexando os seguintes documentos: 1. Carta de apresentação contendo contato de duas referências, 2. Currículo Lattes atualizado.

  Please send an email with the subject line "TT-V Fellowship in Non-coding RNAs in Leishmania" to Prof. Angela Kaysel Cruz (akcruz@fmrp.usp.br), attaching the following documents: a cover letter including the contact information of two professional or academic references; an up-to-date CV (or Curriculum Vitae). Applications will be reviewed upon receipt until the position is filled (or include a deadline here, if applicable).