Bolsa de TT-V em Genética Molecular de Leishmania

Level 5-Technical Training Fellowship in Leishmania’s Molecular Genetics

• Atividades e contexto Activities and context

  O bolsista atuará em duas frentes do projeto. Na linha de regulação da expressão gênica, realizará análises de sequenciamento de RNA (RNA-seq) e de interações RNA-proteína, incluindo controle de qualidade, mapeamento, expressão diferencial, enriquecimento funcional e interpretação dos resultados. Na linha de variabilidade genômica, conduzirá análises em larga escala de perfis epigenéticos, alterações associadas ao estresse replicativo, variações no número de cópias e mudanças na organização genômica em células submetidas a estresse ou com fatores da resposta a danos no DNA depletados.

  The fellow will contribute to two major areas of the project. In the gene expression regulation branch, they will perform RNA-seq and RNA–protein interaction analyses, including quality control, read mapping, differential expression analysis, functional enrichment, and data interpretation. In the genomic variability branch, they will conduct large-scale analyses of epigenetic profiles, replication stress-associated changes, copy number variation, and alterations in genome organization in cells exposed to replicative stress and/or depleted of DNA damage response factors.

• Requisitos obrigatórios Mandatory requirements

  Mínimo de cinco anos de experiência ou título de doutor em Bioinformática. Domínio de ambiente Unix. Fluência em pelo menos uma linguagem de programação comumente empregada em Bioinformática (ex.: R, Python). Experiência em análise de dados de sequenciamento de nova geração (ex.: RNA-Seq, ChIP-seq, RIP-seq, DNA-seq). Fluência na lingua inglesa.

  PhD degree in Bioinformatics or a minimum of five years of professional experience in the field. Proficiency in Unix/Linux environments. Fluency in at least one programming language commonly used in Bioinformatics (e.g., R or Python). Experience in the analysis of next-generation sequencing (NGS) data, including RNA-seq, ChIP-seq, RIP-seq, and DNA-seq. Fluency in English.

• Requisitos desejáveis Desirable requirements

  Experiência com ferramentas de visualização de dados (Genome Browsers como, por exemplo, IGV e Geneious, e redes como, por exemplo, Cytoscape). Experiência em análise de dados de espectrometria de massas. Experiência com depósito de dados em repositórios públicos (ex.: NCBI SRA, NCBI GEO). Conhecimento da biologia de Leishmania. Conhecimentos de técnicas de Biologia Molecular e manipulação genômica (ex.: CRISPR-Cas).

  Experience with data visualization tools, including genome browsers (e.g., IGV and Geneious) and network analysis platforms (e.g., Cytoscape). Experience in mass spectrometry data analysis. Experience with data submission to public repositories (e.g., NCBI SRA and NCBI GEO). Knowledge of Leishmania biology. Knowledge of Molecular Biology techniques and genome engineering approaches (e.g., CRISPR-Cas systems).

• Como se candidatar How to apply

  Enviar e-mail com o assunto “Bolsa de TT-V em regulação de expressão e variabilidade genômica em Leishmania” para a profa. Angela Kaysel Cruz (akcruz@fmrp.usp.br) anexando os seguintes documentos: 1. Carta de apresentação contendo contato de duas referências, 2. Currículo Lattes atualizado.

  Please send an email with the subject line “TT-V Fellowship in Gene Expression Regulation and Genomic Variability in Leishmania” to Prof. Angela Kaysel Cruz (akcruz@fmrp.usp.br), attaching the following documents: A cover letter including contact information for two references; An updated Curriculum Vitae (Lattes CV).