Bolsa de PD em Bioinformática

Post doctoral fellowship in Bioinformatics

Nº: 1159

Área de conhecimento: Bioquímica

Field of knowledge: Biochemistry

Nº do processo FAPESP: 2015/50040-4

FAPESP process: 2015/50040-4

Título do projeto: Centro de Excelência para Descoberta de Alvos Moleculares

Project title: Centre of Excellence in New Target Discovery - CENTD

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatics

Pesquisador principal: Ana Marisa Chudzinski-Tavassi

Principal investigator: Ana Marisa Chudzinski-Tavassi

Unidade/Instituição: Centre of Excellence in New Target Discovery / CENTD

Unit/Instituition: Centre of Excellence in New Target Discovery / CENTD

Data limite para inscrições: 20/06/2016

Deadline for submissions: 2016-06-20

Publicado em: 19/05/2016

Publishing date: 2016-05-19

Localização: Av. Vital Brasil, 1500 São Paulo

Locale: Av. Vital Brasil, 1500 São Paulo

  • Resumo Summary

    Projeto: Revisitar bibliotecas de cDNA

    O Centro de Excelência para Descoberta de Alvos Moleculares, resultado de nova parceria envolvendo FAPESP, Glaxo-SmithKline e Instituto Butantan, tem uma vaga disponível para Pós-Doutorado no Laboratório de Bioquímica e Biofísica do Instituto Butantan, São Paulo, Brasil.

    O pós-doutor selecionado terá a oportunidade de trabalhar na identificação de alvos moleculares e de vias de sinalização relacionados a processos inflamatórios em osteoartrite, artrite reumatoide, remodelagem tecidual/câncer e doenças metabólicas e neurodegenerativas.

    Como requisitos, os candidatos devem ter título de Doutor, preferencialmente em bioinformática, mas candidatos que tenham formação em ciências da computação, estatística e ciências biomédicas também serão considerados; ter experiência em ferramentas de bioinformática, especialmente mineração de dados, e ser capazes de interpretar dados gerados nas plataformas ÔMICAS (genômica, transcriptômica, proteômica, lipodômica, metabolômica) para modelos in vitro e in vivo utilizados na triagem de moléculas bioativas (toxinas, venenos, secreção animal); ter fluência em pelo menos uma linguagem de programação e ser capazes de aprender rapidamente novas ferramentas computacionais; ter experiência com Python, Perl, R, Java, C/C++, Linux e desenvolvimento de servidores web, como Django; ter conhecimento de banco de dados, tais como MySQL Server ou PostgreSQL, bem como possuir experiência prévia em processamento e gerenciamento de dados de sequenciamento em larga escala; ter habilidade de planejar, desenvolver e delinear fluxogramas robustos, além de personalizar roteiros (scripts) para direcionar as análises de mineração de dados de larga escala visando gerar novas hipóteses relacionadas aos processos inflamatórios e imunológicos; instalar, configurar e gerenciar sistemas operacionais baseados em Linux; ter excelente capacidade de comunicação e de organização/gerenciamento.

    Conhecimentos em imunologia, processos inflamatórios, bioquímica, química/biologia computacional e bioinformática serão fortemente considerados no processo de seleção. Inglês fluente (escrito e oral) e capacidade de trabalhar em um time interdisciplinar são requisitos essenciais.

    A bolsa exige dedicação integral ao projeto de pesquisa.

    Esta oportunidade está aberta a candidatos de qualquer nacionalidade. O candidato selecionado receberá bolsa de PD FAPESP no valor de R$ 6.819,30 (cerca de 2,742.00 USD) por mês e reserva técnica equivalente a 15% do valor anual da bolsa. O valor da reserva técnica deverá ser gasto em itens relacionados diretamente à atividade de pesquisa.

    Benefício de auxílio instalação:
    Bolsistas que precisem se mudar para a cidade onde se localiza a instituição sede da pesquisa podem solicitar o benefício de Auxílio Instalação, composto por:
    - Uma (1) mensalidade adicional, a ser paga juntamente com a primeira mensalidade da bolsa;
    - Despesas de transporte, quando houver deslocamento por distância superior a 350 km (trezentos e cinquenta quilômetros).

    Os candidatos interessados devem encaminhar suas inscrições para a pesquisadora Dra. Ana Marisa Chudzinski Tavassi (centd@butantan.gov.br / ana.chudzinski@butantan.gov.br). A inscrição deve incluir os seguintes itens: carta de apresentação pontuando as atividades de pesquisa do candidato, curriculum vitae e duas cartas de recomendação.

    Prazo para inscrições: até 20 de junho de 2016.
    Início das inscrições: 20 de maio de 2016.
    Duração da bolsa: 2 anos (a extensão desse período pode ser considerada).

    Auxílio de pesquisa:
    Processo FAPESP 2015/50040-4.

    Resumo do projeto
    Dados disponíveis de bibliotecas transcriptômicas de cDNA (carrapato Amblyomma cajennense, lagarta Lonomia obliqua, sanguessuga Haementeria depressa, aranha Loxoscelles laeta) serão revisitados com intuito de: (i) identificar compostos potenciais relacionados a processos inflamatórios e imunológicos de interesse do projeto, (ii) investigar moléculas previamente identificadas como "no hits" e (iii) avaliar a possibilidade de fazer a triagem daquelas sequências que tenham permanecido como "no hits".

    Project: Revisiting cDNA Libraries

    The Centre of Excellence for Research in Target Discovery, a new partnership among FAPESP, Glaxo-SmithKline and Butantan Institute, has a postdoctoral position available in the Laboratory of Biochemistry at Butantan Institute, São Paulo, Brazil.

    The postdoctoral fellow will have the opportunity of working on identification of molecular targets and signalling pathways related to inflammation processes in osteoarthritis, rheumatoid arthritis, tissue remodelling/cancer, metabolic and neurodegenerative diseases.

    As requirements, the candidates should have Ph.D. degree, preferentially in bioinformatics, but applicants having equivalent skills and interests in computer science, statistics, and biomedical sciences will also be considered; have experience in the bioinformatics tools, especially data mining, and be able to interpret the data generated from OMICS platforms (genomics, transcriptomics, proteomics, lipidomics, metabolomics) to in vitro and in vivo models used for screening bioactive molecules (toxins, venoms, animal secretions); be fluent in, at least, one programming language and be capable of quickly mastering new computational tools; have experience with Python, Perl, R, Java, C/C++, Linux, and web server development (ideally Django); have knowledge of databases, such as MySQL Server or PostgreSQL, as well as previous experience in processing and managing high-throughput sequencing data; be able to design, develop and deploy robust workflows and custom scripts to support the analyses of high-throughput data mining to generate novel hypotheses or insights related to inflammation and immunology; set up, configure and manage Linux-based operating systems.

    Excellent communication and organizational skills are essential. Knowledge on immunology, inflammation, biochemistry, computational biology/chemistry, and bioinformatics is a strong plus. Fluent English (writing and speaking) and ability to work in an interdisciplinary team are essential.

    The fellowship demands full time dedication to the research project.

    This opportunity is open to applicants of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP's Post-Doctoral fellowship in the amount of R$ 6.819,30 (around 2,742.00 USD)/monthly, and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship, which should be spent in items directly related to the research activity.

    Accommodation assistance:
    Those who need to move to the city where the research institution is located may request the benefit related to accommodation expenses, comprising:
    - An additional monthly fee, which will be paid in the first month of the fellowship;
    - Transportation expenses, in case of any displacement regarding a distance far from 350 km (visit www.fapesp.br/en/5427).

    The applicants interested on this position should send their applications to Dr. Ana Marisa Chudzinski Tavassi (centd@butantan.gov.br / ana.chudzinski@butantan.gov.br). The application must include the following items: a cover letter outlining research accomplishments, curriculum vitae, and two recommendation letters.

    Deadline:
    June 20, 2016.
    Starting date for applications: May 20, 2016.
    Duration: 2 years (an extension can eventually be considered).

    Grant 2015/50040-4, São Paulo Research Foundation (FAPESP).

    Project summary
    cDNA transcriptomic libraries data already available (Amblyomma cajennense tick, Lonomia obliqua caterpillar, Haementeia depressa leech, Loxoscelles laeta spider) will be revisited in order to (i) check for potential compounds related to inflammation and immunology, (ii) re-check previously "no hits", and (iii) evaluate the possibility of screening those sequences that have remained as "no hits".