Bolsa de PD em Bioinformática

Post doctoral fellowship in Bioinformatics

Nº: 1057

Área de conhecimento: Bioquímica

Field of knowledge: Biochemistry

Nº do processo FAPESP: 2015/50040-4

FAPESP process: 2015/50040-4

Título do projeto: Centro de Excelência para Descoberta de Alvos Moleculares

Project title: Centre of Excellence for Research in Target Discovery

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatics

Pesquisador principal: Ana Marisa Chudzinski-Tavassi

Principal investigator: Ana Marisa Chudzinski-Tavassi

Unidade/Instituição: Centre of Excellence for Research in Target Discovery / Instituto Butantan

Unit/Instituition: Centre of Excellence for Research in Target Discovery / Instituto Butantan

Data limite para inscrições: 14/04/2016

Deadline for submissions: 2016-04-14

Publicado em: 11/03/2016

Publishing date: 2016-03-11

Localização: Av. Vital Brasil, 1500 São Paulo

Locale: Av. Vital Brasil, 1500 São Paulo

  • Resumo Summary

    Projeto: Revisitar bibliotecas de cDNA.

    O Centro de Excelência para Descoberta de Alvos Moleculares, resultado de nova parceria envolvendo FAPESP, Glaxo-SmithKline e Instituto Butantan, tem uma vaga disponível para Pós-Doutorado no Laboratório de Bioquímica e Biofísica do Instituto Butantan, São Paulo, Brasil.

    O pós-doutor selecionado terá a oportunidade de trabalhar na identificação de alvos moleculares e de vias de sinalização relacionados a processos inflamatórios em osteoartrite, artrite reumatoide, remodelagem tecidual/câncer e doenças metabólicas e neurodegenerativas.

    Como requisitos, os candidatos devem ter:

    - Título de Doutor, preferencialmente em bioinformática. Mas candidatos que tenham formação em ciências da computação, estatística e ciências biomédicas também serão considerados.

    - Experiência em ferramentas de bioinformática, especialmente mineração de dados, e capacidade de interpretar dados gerados nas plataformas ÔMICAS (genômica, transcriptômica, proteômica, lipodômica, metabolômica) para modelos in vitro e in vivo utilizados na triagem de moléculas bioativas (toxinas, venenos, secreção animal).

    - Fluência em pelo menos uma linguagem de programação e capacidade de aprender rapidamente novas ferramentas computacionais.

    - Experiência com Python, Perl, R, Java, C/C++, Linux e desenvolvimento de servidores web, como Django, é desejável.

    - Conhecimento de banco de dados, tais como MySQL Server ou PostgreSQL, bem como experiência prévia em processamento e gerenciamento de dados de sequenciamento em larga escala.

    - Habilidade de planejar, desenvolver e delinear fluxogramas robustos, além de personalizar roteiros (scripts) para direcionar as análises de mineração de dados de larga escala visando gerar novas hipóteses relacionadas aos processos inflamatórios e imunológicos.

    - Habilidade de instalar, configurar e gerenciar sistemas operacionais baseados em Linux.

    - Excelente capacidade de comunicação e de organização/gerenciamento.

    - Conhecimento em imunologia, processos inflamatórios, bioquímica, química/biologia computacional e bioinformática será fortemente considerado no processo de seleção.

    - Inglês fluente (escrito e oral) e capacidade de trabalhar em um time interdisciplinar são requisitos essenciais.

    A bolsa exige dedicação integral ao projeto de pesquisa.

    Esta oportunidade está aberta a candidatos de qualquer nacionalidade. O candidato selecionado receberá bolsa de PD FAPESP no valor de R$ 6.143,40 por mês e reserva técnica equivalente a 15% do valor anual da bolsa. O valor da reserva técnica deverá ser gasto em itens relacionados diretamente à atividade de pesquisa.

    Bolsistas que precisem se mudar para a cidade onde se localiza a instituição sede da pesquisa podem solicitar o benefício de Auxílio Instalação, composto por:
    - Uma (1) mensalidade adicional, a ser paga juntamente com a primeira mensalidade da bolsa;
    - Despesas de transporte, quando houver deslocamento por distância superior a 350km (trezentos e cinquenta quilômetros).

    Os candidatos interessados nesta vaga devem encaminhar suas inscrições para a pesquisadora Dra. Ana Marisa Chudzinski Tavassi (To: centd@butantan.gov.br / Cc: ana.chudzinski@butantan.gov.br). A inscrição deve incluir os seguintes itens: carta de apresentação pontuando as atividades de pesquisa do candidato, curriculum vitae e duas cartas de recomendação.

    Prazo para as inscrições: até 14 de abril de 2016.
    Início das inscrições: 14 de março de 2016.
    Duração da bolsa: 2 anos (a extensão deste período pode ser considerada).
    Auxílio de pesquisa: Processo FAPESP 2015/50040-4

    Resumo do projeto

    Dados disponíveis de bibliotecas transcriptômicas de cDNA (carrapato Amblyomma cajennense, lagarta Lonomia obliqua, sanguessuga Haementeria depressa, aranha Loxoscelles laeta) serão revisitados com intuito de (i) identificar compostos potenciais relacionados a processos inflamatórios e imunológicos de interesse do projeto, (ii) investigar moléculas previamente identificadas como “no hits” e (iii) avaliar a possibilidade de fazer a triagem daquelas sequências que tenham permanecido como “no hits”.

     

    Project: Revisiting cDNA Libraries.

    The Centre of Excellence for Research in Target Discovery, a new partnership among FAPESP, Glaxo-SmithKline and Butantan Institute, has a postdoctoral position available in the Laboratory of Biochemistry at Butantan Institute, São Paulo, Brazil.

    The postdoctoral fellow will have the opportunity of working on identification of molecular targets and signalling pathways related to inflammation processes in osteoarthritis, rheumatoid arthritis, tissue remodelling/cancer, metabolic and neurodegenerative diseases.

    As requirements, candidates should have:

    - Ph.D. degree, preferentially in bioinformatics, but applicants having equivalent skills and interests in computer science, statistics, and biomedical sciences will also be considered.

    - Experience in the bioinformatics tools, especially data mining, and ability to interpret the data generated from OMICS platforms (genomics, transcriptomics, proteomics, lipidomics, metabolomics) to in vitro and in vivo models used for screening bioactive molecules (toxins, venoms, animal secretions).

    - Fluency in, at least, one programming language and ability of mastering quickly new computational tools.

    - Experience with Python, Perl, R, Java, C/C++, Linux, and web server development (ideally Django) is desirable.

    - Knowledge of databases, such as MySQL Server or PostgreSQL, as well as previous experience in processing and managing high-throughput sequencing data.

    - Ability to design, develop and deploy robust workflows and custom scripts to support the analyses of high-throughput data mining to generate novel hypotheses or insights related to inflammation and immunology.

    - Ability to set up, configure and manage Linux-based operating systems.

    - Excellent communication and organizational skills are essential.

    - Knowledge on immunology, inflammation, biochemistry, computational biology/chemistry, and bioinformatics is a strong plus.

    - Fluent English (writing and speaking) and ability to work in an interdisciplinary team are essential.

    The fellowship demands full time dedication to the research project.

    This opportunity is open to applicants of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP's Post-Doctoral fellowship in the amount of R$ 6,143.40 monthly, and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship, which should be spent in items directly related to the research activity.

    Those who need to move to the city where is located the headquarters of the research institution may request the benefit related to accommodation expenses, comprising:
    - An additional monthly fee, which will be paid in the first month of the fellowship;
    -Transportation expenses, in case of any displacement regarding a distance far from 350km (visit www.fapesp.br/en/5427).

    Interested applicants should send their applications to Dr. Ana Marisa Chudzinski Tavassi (To: centd@butantan.gov.br / Cc: ana.chudzinski@butantan.gov.br). The application must include the following items: a cover letter outlining research accomplishments, curriculum vitae, and two recommendation letters.

    Deadline for applications: April 14, 2016.
    Starting date for applications: March 14, 2016.
    Duration: 2 years (an extension can eventually be considered).
    Grant: 2015/50040-4, São Paulo Research Foundation (FAPESP).

    Project summary
    cDNA transcriptomic libraries data already available (Amblyomma cajennense tick, Lonomia obliqua caterpillar, Haementeia depressa leech, Loxoscelles laeta spider) will be revisited in order to (i) check for potential compounds related to inflammation and immunology, (ii) re-check previously "no hits", and (iii) evaluate the possibility of screening those sequences that have remained as “no hits”.