Bolsa de PD em Genômica Vegetal, Bioinformática e Biologia Computacional

Post-Doctoral Fellowship in Plant Genomics, Bioinformatics and Computational Biology

• Atividades e contexto Activities and context

  O CPA Citros anuncia a oportunidade de pós-doutorado com Bolsa da FAPESP em bioinformática aplicada à interação citrus x Liberibacter (agente causal do Huanglongbing – HLB) sob a supervisão dos Profs. Luis Camargo (ESALQ-USP) e Alessandro Varani (UNESP). As atividades serão conduzidas no núcleo computacional da UNESP e incluem montagem de genomas de espécies de citros objetivando investigar a arquitetura genômica associada a diferentes respostas ao HLB, integração de dados de ômicas e colaboração em análises complementares de famílias gênicas, de transposons e de pequenos RNAs e microbiômicas.

  The CPA Citros announces a post-doctoral opportunity with a FAPESP scholarship in bioinformatics applied to the citrus x HLB-causing agent Liberibacter interaction under the supervision of Professors Luis Camargo (University of São Paulo's Luiz de Queiroz College of Agriculture – ESALQ-USP) and Alessandro Varani (São Paulo State University – UNESP). The activities will be developed at UNESP's Center for Scientific Computing (NCC) and include assemblage of genomes of citrus species to investigate their genomic architecture associated with responses to HLB, integration of “omics” data, and complementary analyses on gene family analyses, transposons, small RNAs, and microbiomics.

• Requisitos obrigatórios Mandatory requirements

  i) Doutorado (obtido há menos de 7 anos) em Genética, Genômica, Bioinformática, Biologia Molecular, Biotecnologia, Ciências Biológicas, Agronomia ou áreas correlatas;

  ii) Experiência comprovada em bioinformática aplicada à análise de genomas e/ou transcritomas;

  iii) Familiaridade com ambiente Linux, linha de comando e execução de pipelines computacionais;

  iv) Experiência com pelo menos algumas das seguintes áreas: montagem de genomas, anotação gênica, anotação de elementos transponíveis, genômica comparativa, RNA-seq, filogenômica, análise de famílias gênicas ou análises funcionais.

  i) Hold a PhD degree (earned within the last 7 years) in Genetics, Genomics, Bioinformatics, Molecular Biology, Biotechnology, Biological Sciences, Agronomy, or related fields;

  ii) Proven experience in bioinformatics applied to genome and/or transcriptome analysis;

  iii) Familiarity with Linux environments, command-line tools, and the execution of computational pipelines;

  iv) Experience in at least some of the following areas: genome assembly, gene annotation, transposable element annotation, comparative genomics, RNA-seq, phylogenomics, gene family analysis, or functional analyses.

• Requisitos desejáveis Desirable requirements

  i) Capacidade de organizar dados, documentar análises, gerar relatórios técnicos e contribuir para a redação de artigos científicos em inglês;

  ii) Conhecimentos em linguagens como R, Python, Perl, Bash ou similares serão considerados diferenciais, assim como experiência prévia com genomas vegetais, dados PacBio HiFi, Oxford Nanopore, Hi-C, anotação de TEs, análise de pangenomas ou evolução de genomas de plantas.

  i) Ability to organize data, document analyses, prepare technical reports, and contribute to the writing of scientific manuscripts in English;

  ii) Knowledge of programming or scripting languages such as R, Python, Perl, Bash, or similar languages will be considered an advantage, as will previous experience with plant genomes, PacBio HiFi data, Oxford Nanopore data, Hi-C, TE annotation, pangenome analysis, or plant genome evolution.

• Como se candidatar How to apply

  Enviar com o assunto “PD-GenômicaCitrus”: Currículo Lattes e Súmula Curricular (Modelo FAPESP), ou Curriculum Vitae para candidatos estrangeiros; cópia do certificado ou diploma de Doutorado; carta de apresentação com justificativa do interesse na vaga e aderência ao projeto e uma carta de recomendação (PDF); lista de publicações e, quando pertinente, links para repositórios de códigos, pipelines, análises ou projetos anteriores.

  Processo seletivo: análise dos documentos (fase classificatória), e entrevista (presencial ou virtual – fase eliminatória). O resultado será divulgado por e-mail.

  Email subject: “PD-CitrusGenomics”. Include: Lattes CV & Curricular Summary (FAPESP Model) or CV for international candidates; copy of Ph.D. certificate/diploma; cover letter justifying interest & alignment with the project and one recommendation letter (PDF); and list of publications with links to code repositories, pipelines, analyses, or past projects when applicable.

  The selection process consists of document review (qualifying phase) and interview (in-person/virtual – eliminatory phase). Results will be sent via email.