Bolsa de TT-V em Bioinformática

Level 5 -Technical Training Fellowship in Bioinformatics

• Resumo

  O trabalho do bolsista consistirá em dois tipos de atividade. Primeiramente, deverá auxiliar no processamento de dados brutos gerados por experimentos de transcriptômica, metilômica e paineis.

  Após os primeiros dados ficarem prontos, estendendo-se até o final da bolsa, deverá ajudar nas análises cruzadas entre dados genômicos, dados de dose-resposta e dados clínicos.

  Os transcriptomas serão inicialmente processados com ferramentas como fastQC, STAR, Picard, e outras ferramentas do pacote Samtools. Os metilomas serão processados com ferramentas padrão de arrays, pois a tecnologia é semelhante, porém, adaptadas ao caso de metilação. Pacotes da linguagem R, especialmente da inciativa Bioconductor, como limma, amplamente usada para microarrays, poderão ser úteis aqui.

  Ferramentas mais específicas para metilação, como minfi, também serão avaliadas. Para paineis de genes, as ferramentas disponíveis no site BaseSpace, disponível para quem tem equipamentos Illumina, como Dragen, podem ser uma primeira linha de processamento, a ser completado com ferramentas do pacote Samtools e outras.

  Não descartamos o desenvolvimento de scripts caseiros para realizar tarefas específicas. Para ajudar na busca de correlações e análises cruzadas, ferramentas estatísticas como R, Jamovi e outras poderão ser utilizadas.

  Técnicas de ciência de dados e ciência de redes podem também ser úteis.