Bolsa de PD em Matemática Aplicada e Estatística

Post doctoral fellowship in Applied Mathematics and Statistics

Nº: 1073

Área de conhecimento: Matemática

Field of knowledge: Mathematics

Nº do processo FAPESP: 2013/07375-0

FAPESP process: 2013/07375-0

Título do projeto: Algoritmos Paralelos para Determinação de Estruturas de Proteínas

Project title: Parallel Algorithms to Protein Structure Determination

Área de atuação: Matemática Aplicada e Estatística

Working area: Applied Mathematics and Statistics

Pesquisador principal: José Mario Martinez Perez

Principal investigator: José Mario Martinez Perez

Unidade/Instituição: Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica

Unit/Instituition: Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica

Data limite para inscrições: 20/04/2016

Deadline for submissions: 2016-04-20

Publicado em: 24/03/2016

Publishing date: 2016-03-24

Localização: R. Sérgio Buarque de Holanda, 651 Campinas

Locale: R. Sérgio Buarque de Holanda, 651 Campinas

  • Resumo Summary

    Título: Algoritmos Paralelos para Determinação de Estruturas de Proteínas.
    Supervisor: Prof. Dr. José Mário Martinez Perez.

    O Centro de Pesquisa, Inovação e Difusão para Ciências Matemáticas Aplicadas à Industria (CEPID-CeMEAI), apoiado pela Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) e sediado no Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação da Universidade de São Paulo (ICMC-USP), oferece uma bolsa de Pós-Doutoramento pelo período de 1 ano para candidatos com excelente potencial de investigação. O candidato trabalhará no Instituto de Matemática, Estatística e Computação Científica (IMECC-UNICAMP), Campinas, SP/Brasil.

    A posição é focada no desenvolvimento de métodos de Otimização e Algoritimos para obter estruturas 3D de proteínas usando dados de RMN. A paralelização dos algoritmos desenvolvidos será fundamental, devido ao alto custo computacional associado.

    Os candidatos devem ter concluído doutorado em Matemática Aplicada ou Bioinformática há menos de 7 anos. Os candidatos devem ainda ter sólida formação em análise e implementação de métodos de otimização. Os candidatos também devem demonstrar experiência em C++, Matlab e Computação de alta performance (especialmente OpenMP e MPI).

    Os critérios para seleção incluirão experiência comprovada em pesquisa envolvendo Matemática Aplicada, Otimização e Bioinformática, sólida formação em Computação, disposição para trabalho em grupo e excelente habilidade verbal e escrita. É também desejável que o candidato tenha prévia experiência em pesquisa em grupo multidisciplinar e que tenha colaborado em projetos de pesquisa envolvendo empresas ou instituições governamentais.

    O candidato selecionado receberá bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP no valor de R$ 6.819,30 mensais e Reserva Técnica. A Reserva Técnica da bolsa de Pós-Doutorado equivale a 15% do valor anual da bolsa e tem o objetivo de atender a despesas imprevistas e diretamente relacionadas à atividade de pesquisa.

    Caso o bolsista resida em domicílio diferente e precise se mudar para a cidade onde se localiza a instituição sede da pesquisa, poderá ter direito a um Auxílio-Instalação.

    Inscrições:
    Para se candidatar, envie um email (apenas arquivo em PDF), até 20 de abril de 2016, com os seguintes itens para o Prof. Carlile Lavor (clavor@ime.unicamp.br):

    1.
    Uma carta manifestando interesse, contendo informações completas de contato, ano em que finalizou o doutorado e nacionalidade/cidadania e respondendo de forma concisa às ênfases de pesquisa e aos critérios acima;

    2. CV com formação educacional, experiência de investigação e publicações;

    3. Uma carta de apresentação, incluindo nomes e informações de contato de dois profissionais que possam recomendá-lo (não incluir cartas de recomendação).

    Por favor, indique "CEPID Postdoc" no campo de assunto da mensagem.

     

    Title: Parallel Algorithms to Protein Structure Determination.
    Supervisor: Prof. Dr. José Mário Martinez Perez.

    Abstract: The Research, Innovation and Dissemination Center for Mathematical Sciences Applied to Industry (CeMEAI), hosted by the University of São Paulo, Brazil, and funded by FAPESP (São Paulo Research Foundation, Brazil), is offering a 1 year Postdoctoral fellowship for candidates with outstanding research potential. The selected candidate will work at the Institute of Mathematics, Statistics and Scientific Computing (IMECC-UNICAMP), Campinas, SP/Brazil.

    This position focuses on the development of optimization methods and algorithms to obtain structural resolution of macromolecules using NMR spectroscopy data. The ultimate goal is the development of massively parallel algorithms to improve the matching of NMR spectra by combining conformational and structural protein data.

    Candidates must have received a PhD degree in Applied Mathematics, Computation or Bioinformatics within the last 7 years. Applicants should have a strong background in analysis and implementation of optimization algorithms. Candidates should also be able to demonstrate programming experience in C++, Matlab and high-performance computing (specially OpenMP and MPI).

    Selection criteria will include demonstrated research ability in Applied Mathematics, Optimization and Bioinformatics, strong background in computation, commitment to collaborative research, and excellent verbal and written communication skills. It is also desirable that the candidate has previous experience working in multidisciplinary research group and has collaborated on research projects with companies or government institutions.

    The selected candidate will receive a FAPESP Post-Doctoral fellowship worth R$ 6819,30 monthly and Technical Reserve. The Technical Reserve is equivalent to 15% of the annual amount of the fellowship and aims to meet unforeseen expenses, directly related to the research activity.

    If the selected candidate needs to move to Campinas (the city where is located the research institution) he/she may be entitled to a financial value to move to the city.

    To apply please e-mail (only PDF files), up to April 20, 2016, the following items to Prof. Carlile Lavor (clavor@ime.unicamp.br):

    1. A letter of interest, containing full contact information, year graduated and citizenship/immigration status, concisely responding to the research emphases and criteria above;

    2.
    A CV listing educational background, research experience and publications;

    3.
    A cover letter including names and contact information of two professionals who can recommend the candidate (no letters please).

    Please indicate "CEPID Postdoc" in the subject field of the message.

    More information about the fellowship is at: www.fapesp.br/en/5427.