Bolsa de TT-V em Bioinformática e Ciência da Computação
Level 5-Technical Training Fellowship in Bioinformatics and Computer Science
Nº: 4322
Área de conhecimento: Ciência da Computação
Field of knowledge: Computer science
Nº do processo FAPESP: 2014/50921-8
FAPESP process: 2014/50921-8
Título do projeto: Otimização e gerenciamento da plataforma SUCEST-FUN
Project title: Optimization and Management of SUCEST-FUN Platform
Área de atuação: Bioinformática/Ciência da Computação
Working area: Bioinformatics / Computer Science
Quantidade de vagas: 1
Number of places: 1
Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
Principal investigator: Glaucia Mendes Souza
Unidade/Instituição: Instituto de Química – USP
Unit/Instituition: Instituto de Química – USP
Data limite para inscrições: 30/06/2021
Deadline for submissions: 2021-06-30
Publicado em: 10/06/2021
Publishing date: 2021-06-10
Localização: Av. Prof. Lineu Prestes, 748, Cidade Universitária., São Paulo
Locale: Av. Prof. Lineu Prestes, 748, Cidade Universitária., São Paulo
E-mail para inscrições: glmsouza@iq.usp.br
E-mail for proposal submission: glmsouza@iq.usp.br
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Resumo
O Laboratório de Transdução de Sinal do Instituto de Química da USP realiza estudos de Biologia de Sistemas com a cana-de-açúcar e para isso produz e analisa dados de genômica, transcriptômica e metabolômica dessa gramínea, os quais estão armazenados no SucestFunDB (http://sucest-fun.org/wsapp). Sigla para “Sugarcane Functional Genomics Database”, trata-se de uma plataforma desenvolvida em java, integrativa e colaborativa que utiliza ferramentas in house e open source.
O projeto tem como objetivo principal a análise comparativa de genomas de espécies ancestrais e cultivares, ampliando o conhecimento e identificações de genes, regiões promotoras e elementos regulatórios. Como atividades essenciais, serão necessárias a implementação de novas ferramentas para a plataforma do Sucest-FunDB, além de estabelecer metodologias para análise e visualização integrativa genômica, transcriptômica e metabolômica, associando anotações funcionais de ontologia de genes, vias de sinalização, entre outros, para inferência de novas relações e insights biológicos. Espera-se que o bolsista possa manter e gerenciar o GenomeBrowser do genoma da cana-de-açúcar.
Requisitos mínimos:
• Conhecimentos em métodos de Bioinformática, Ciência da Computação e Estatística;
• Experiência em análises de genômica comparativa;
• Conhecimentos avançado em linguagem Java, JavaWeb e R;
• Experiência em modelagem de Bancos de Dados e linguagem SQL;
• Inglês intermediário.
Mais informações sobre requisitos e benefícios da Bolsa FAPESP TT-V estão em https://fapesp.br/3098 e https://fapesp.br/3162.
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