Bolsa de TT-IV em Bioinformática e Computação
Level 4-Technical Training Fellowship in Bioinformatics and Computing
Nº: 4321
Área de conhecimento: Ciência da Computação
Field of knowledge: Computer science
Nº do processo FAPESP: 2014/50921-8
FAPESP process: 2014/50921-8
Título do projeto: Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para integração de dados na plataforma SUCEST-FUN
Project title: Development of bioinformatics tools for data integration at SUCEST-FUN platform
Área de atuação: Bioinformática e Computação
Working area: Bioinformatics and Computing
Quantidade de vagas: 1
Number of places: 1
Pesquisador responsável: Glaucia Mendes Souza
Principal investigator: Glaucia Mendes Souza
Unidade/Instituição: Instituto de Química – USP
Unit/Instituition: Instituto de Química – USP
Data limite para inscrições: 30/06/2021
Deadline for submissions: 2021-06-30
Publicado em: 10/06/2021
Publishing date: 2021-06-10
Localização: Av. Prof. Lineu Prestes, 748, Cidade Universitária, São Paulo
Locale: Av. Prof. Lineu Prestes, 748, Cidade Universitária, São Paulo
E-mail para inscrições: glmsouza@iq.usp.br
E-mail for proposal submission: glmsouza@iq.usp.br
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Resumo
O Laboratório de Transdução de Sinal do Instituto de Química da USP realiza estudos de Biologia de Sistemas com a cana-de-açúcar e para isso produz e analisa dados de genômica, transcriptômica e metabolômica dessa gramínea, os quais estão armazenados no SucestFunDB (http://sucest-fun.org/wsapp). Sigla para “Sugarcane Functional Genomics Database”, trata-se de uma plataforma desenvolvida em java, integrativa e colaborativa que utiliza ferramentas in house e open source.
O projeto da bolsa tem como objetivo principal a evolução do banco de dados do Sucest-FunDB e o desenvolvimento de novas metodologias e aplicações baseadas em métodos estatísticos e de aprendizado de máquina para integração de dados de larga escala de Transcriptoma e Metaboloma com bancos de dados de ontologia de genes, vias de sinalização, entre outros, para inferência de novas relações e insights biológicos.
Requisitos mínimos:
• Conhecimentos em métodos de Bioinformática, Ciência da Computação e Estatística;
• Conhecimentos em análise multivariada e aprendizado de máquina para dados de -ômicas;
• Conhecimentos avançado em linguagem Java, JavaWeb, JavaScript, e R;
• Experiência em modelagem de Bancos de Dados e linguagem SQL;
• Inglês intermediário.
Mais informações sobre requisitos e benefícios da Bolsa FAPESP TT-IV estão em https://fapesp.br/3098 e https://fapesp.br/3162.
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