Bolsa de PD em Genômica Populacional

Post doctoral fellowship in Population Genomics

• Resumo Summary

  Estão abertas as inscrições para uma vaga de Pós-Doutorado (de dois anos) em Genômica Populacional, na Escola de Artes, Ciências e Humanidades da Universidade de São Paulo, São Paulo, Brasil.
  
  1. Informações gerais
  1.1. Projeto temático: Sapindales: filogenia e diversificação na região neotropical (FAPESP: 14/18002-2).
  1.2. Área do projeto: Genômica Populacional.
  1.3. Pesquisadores principais: José Rubens Pirani e Pedro Dias.
  1.4. Supervisor para este projeto: Pedro Dias.
  1.5. Instituição / Departmento: Universidade de São Paulo / Escola de Artes, Ciências e Humanidades.
  1.6. Bolsa: R$ 6.819,30 por mês.
  1.7. Reserva técnica de bolsa: destina-se à utilização em atividades desenvolvidas pelo bolsista, estritamente relacionadas com o projeto de pesquisa da bolsa, no período de vigência da mesma. O valor adicional é equivalente a 15% do valor anual da bolsa.
  1.8. Data limite para inscrição: 30 de abril de 2016.
  
  2. Descrição do projeto: "Genômica populacional de Pilocarpus spp. (Rutaceae)".
  O gênero Pilocarpus Vahl possui 17 espécies e sua distribuição é restrita à região neotropical. Economicamente, o gênero destaca-se por ser a única fonte natural do alcalóide pilocarpina, bastante utilizado pela indústria farmacêutica para o tratamento de glaucoma. Neste projeto serão estudadas as quatro espécies exploradas comercialmente e que também são estreitamente relacionadas: P. alatus, P. jaborandi, P. microphyllus and P. trachylophus. Este projeto fará uso das recentes tecnologias de sequenciamento desenvolvidas pela Illumina e pela Oxford Nanopore, assim como da técnica RAD-seq.
  
  3. Atividades
  A bolsa faz parte de um projeto de pesquisa financiado pela FAPESP (2014/18002-2), o qual possui como instituição-sede a Universidade de São Paulo, sobre a filogenia e a diversificação das Sapindales na região neotropical. As atividades a serem desenvolvidas incluem a manipulação de DNA (incluindo preparação e otimização de bibliotecas), o uso de programas para análise de qualidade das sequências, pipelines e scripts desenvolvidos por usuários (tanto em R como em Perl) e análises genômicas populacionais. O bolsista também ajudará com a orientação de alunos (especialmente de pós-graduação) e na escrita de manuscritos e propostas para financiamento por agências de fomento. As atividades serão realizadas na Escola de Artes, Ciências e Humanidades da Universidade de São Paulo, São Paulo-SP, Brasil.
  
  4. Requisitos
  Para concorrer à vaga, o candidato precisa ter:
  4.1. Título de doutor em Genômica / Genética / Bioinformática / Biologia Evolutiva ou áreas correlatas. O título não pode ter sido obtido há mais de dois anos da data limite para inscrição.
  4.2. Publicação em genômica populacional de plantas e/ou filogeografia de plantas.
  4.3. Experiência elevada em técnicas de biologia molecular usando diferentes tipos de marcadores em genética de populações de plantas.
  4.4. Inglês fluente (fala e escrita) e disponibilidade para viajar para fora do país e desenvolver atividades em laboratórios parceiros.
  4.5. Compromentimento escrito de que nos primeiros 12 meses de bolsa adquirirá experiência com preparação de bibliotecas para Illumina e Oxford Nanopore; manuseio de dados genômicos (treinamento prévio em montagem e anotação de genomas será considerado diferencial) e software (FastQC, IGV, SPAdes, STACKS); uso de scripts desenvolvidos por usuários (habilidades básicas de programação em Perl, Python ou R serão um diferencial) e comandos básicos de shell. Linux é obrigatório.
  4.6. Disponibilidade para iniciar as atividades tão logo a FAPESP aprove a seleção. 
  * É vetada a inscrição de candidatos aposentados
  
  5. Critérios para seleção
  Dentre os candidatos com inscrição aprovada, a seleção será feita de acordo com o mérito científico, a qualidade da tese de doutorado, habilidades pessoais, a intimidade com áreas de interesse para o projeto, habilidade de falar e escrever em inglês, habilidade analítica, criatividade, iniciativa, independência, trabalho em grupo e disposição para colaborações. 
  
  Conhecimentos de teorias e métodos relevantes (sequenciamento de nova geração, montagem de genoma e análises filo/biogeográficas) serão considerados fortes diferenciais. Experiência com trabalho de campo será considerada como habilidade adicional. 
  
  Omissões neste edital serão resolvidas pelos pesquisadores principais do Projeto Temático, levando em conta as regras da FAPESP (www.fapesp.br/en/5427).
  
  6. Mais informações
  Por favor, contacte Pedro Dias (pdias@usp.br) ou José R. Pirani (pirani@usp.br).
  
  7. A ser encaminhado para se candidatar (somente pdf)
  7.1. Carta de intenção, com apresentação pessoal, de no máximo uma página A4, com as razões que fizeram você se inscrever;
  7.2. Curriculum vitae com lista de publicações (por favor, inclua os links DOI);
  7.3. Cópia de três publicações selecionadas. Cópia da tese de doutorado e do título de doutor ou ainda uma declaração com a data em que a tese será defendida (até 30 de junho de 2016);
  7.4. Fornecer nomes de duas referências pessoais que possam emitir juízo sobre você (com endereços de e-mail).
  
  Por favor, envie sua documentação por e-mail (em formato PDF), marcada com "FAPESP 2014/18002-2 - PD3 - population genomics" no campo assunto, para pdias@usp.br e pirani@usp.br, até o dia 30 de abril de 2016.
  
  A análise da documentação e a seleção serão realizadas no dia 1º de maio de 2016, mas é possível que a data limite seja estendida até que a vaga seja preenchida. A divulgação dos resultados só poderá ser feita após a aprovaçao da FAPESP.

  A two-year postdoctoral position in Population Genomics is available at the School of Arts, Sciences and Humanities, University of São Paulo, Brazil.
  
  1. General information
  1.1. Grant: Sapindales: phylogeny and diversification in the neotropical region (FAPESP: 14/18002-2).
  1.2. Project sub-discipline: Population Genomics.
  1.3. Principal investigators: José Rubens Pirani and Pedro Dias.
  1.4. Supervisor for this project: Pedro Dias.
  1.5. Institution / Department: University of São Paulo / School of Arts, Sciences and Humanities.
  1.6. Fellowship: R$ 6.819,30 per month (about US$ 2,000.00 - there are no taxes on fellowships in Brazil).
  1.7. Research contingency funds: intended for use in activities developed by the fellowship holder, strictly related to the fellowship research project, during the term of the fellowship. The additional funds are equivalent to 15 per cent of the annual value of the fellowship.
  1.8. Deadline for application: April 30, 2016.
  
  2. Project description: "Population genomics of Pilocarpus spp. (Rutaceae)".
  The genus Pilocarpus Vahl has 17 species and its distribution is restricted to the Neotropics. Economically, it is noteworthy by being the only natural source of the alkaloid pilocarpine, which is the key element commercialised by the pharmaceutical industry for glaucoma treatment. This project will focus on the four closely related, commercially exploited, and pilocarpine- producing species: P. alatus, P. jaborandi, P. microphyllus and P. trachylophus. This project will use Illumina and Oxford Nanopore sequencing technologies, and the RAD-seq technique as well. 
  
  3. Tasks
  The position is part of a research project, supported by FAPESP (2014/18002-2) at the University of São Paulo, on the phylogeny and diversification of the Sapindales in the Neotropical region. The work includes DNA labwork (including library preparation and optimization), use of standard software for quality control, pipelines and user-developed scripts (in both R and Perl), and population genomic analyses. The fellow will also help with supervision of student projects, article and grant writing. The labwork will be conducted at the School of Arts, Sciences and Humanities, University of São Paulo, in São Paulo. 
  
  4. Qualifications
  To be qualified for the postdoctoral position the applicant should have:
  4.1. PhD degree in Genomics / Genetics / Bioinformatics / Phylogenetics / Evolutionary Biology or similar direction of studies. The PhD degree should have been received no more than two years before the deadline for applications.
  4.2. Publication record in plant genomics and/or phylogeography.
  4.3. Strong experience with molecular biology techniques and DNA markers used in plant population genetics.
  4.4. Fluent English and availability to spend sometime abroad / partner labs.
  4.5. Compromise, signed after acceptance of the grant, stating that the candidate will acquire experience, within the first 12 months, with Illumina and Oxford Nanopore library preparation; handling genomic data (previous training in genome assembly and annotation will be a plus) and software (e.g., FastQC, IGV, SPAdes, STACKS); using user-developed scripts (basic programing skills in, e.g., Perl, Python or R will be a plus), and basic shell commands. Linux OS is mandatory. 
  4.6. Availability to initiate working on the project as soon as FAPESP finishes documentation checking and approves the application.
  * Retired candidates are not allowed.
  
  5. Criteria for selection
  Among qualified applicants, selection is made according to scientific merits, quality of the PhD dissertation, personal skills, the applicant's documented knowledge in subjects of relevance for the research area, ability to master English language (both spoken and written), analytical ability, creativity, initiative, independence, teamwork and ability to cooperate.
  
  Previous knowledge of relevant theory and methods (next-generation sequencing, genome assembly, and phylo/biogeographic analyses) weigh heavily. Experience with botanical fieldwork is considered as additional qualification. 
  
  Omissions in this announcement will be decided by the PIs of the FAPESP grant, safeguarding the rules established by FAPESP (www.fapesp.br/en/5427).
  
  6. More information
  Please contact Pedro Dias (pdias@usp.br) or José R. Pirani (pirani@usp.br).
  
  7. To be included in the application (pdf format only)
  7.1. Maximum one A4-page of personal presentation and your reasons for applying (letter of intent).
  7.2. Curriculum vitae with publication list (please include DOI links).
  7.3. Copy of three selected publications. Copy of PhD dissertation and PhD degree certificate or date of scheduled defense (until June 30, 2016).
  7.4. A list of two persons who may act as references (with e-mail addresses).
  
  Please send your application, marked with "FAPESP 2014/18002-2 - PD3 - population genomics" in the subject field, to both pdias@usp.br and pirani@usp.br no later than April 30, 2016.
  
  Applications will be reviewed on May 1, 2016, but are also considered after this date until the position is filled. Results will be announced after FAPESP's approval only.