Bolsa de TT-3 em Bioinformática

TT-3 fellowship in Bioinformatics

Nº: 1569

Área de conhecimento: Interdisciplinar

Field of knowledge: interdisciplinary

Nº do processo FAPESP: 2016/09659-3

FAPESP process: 2016/09659-3

Título do projeto: Fisiologia molecular e evolução de uma nova via de estabilização do desenvolvimento

Project title: Molecular physiology and evolution of a new developmental stability pathway

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatics

Pesquisador principal: Tatiana Teixeira Torres

Principal investigator: Tatiana Teixeira Torres

Unidade/Instituição: Instituto de Biociências / USP

Unit/Instituition: Instituto de Biociências / USP

Data limite para inscrições: 30/06/2017

Deadline for submissions: 2017-06-30

Publicado em: 11/05/2017

Publishing date: 2017-05-11

Localização: R. do Matão, 277 - Butantã, São Paulo - SP, 05508-090

Locale: R. do Matão, 277 - Butantã, São Paulo - SP, 05508-090

E-mail para inscrições: tttorres@ib.usp.br

E-mail for proposal submission: tttorres@ib.usp.br

  • Resumo Summary

    Breve descrição do projeto: Durante seu desenvolvimento, os organismos são capazes de se proteger contra perturbações ambientais intrínsecas e extrínsecas, garantindo a estabilidade no desenvolvimento. A resposta contra perturbações pode envolver ajustes fisiológicos, temporais ou comportamentais no programa de desenvolvimento. Por exemplo, se um crescimento descoordenado é induzido nos discos imaginais em larvas de Drosophila melanogaster, ocorre um atraso na metamorfose, permitindo que os discos danificados tenham um tempo extra para recuperação. Isso permite que o indivíduo com dano tecidual possa ainda atingir o tamanho e a proporção específicos de sua espécie.

    Mas as vias envolvidas no ajuste fino da coordenação de crescimento e do tempo de desenvolvimento ainda são pouco compreendidas. Como ponto de partida para entender como a via de estabilização do desenvolvimento evoluiu, propomos uma combinação de genética molecular, bioinformática, genômica funcional, ensaios bioquímicos e abordagens de evo-devo (evolução e desenvolvimento), para estudar uma espécie de Nematocera e duas espécies chave de Brachycera.

    Atividades do bolsista: Montagem das sequências curtas em transcritos e sua anotação; mapeamento das sequências curtas aos contigs anotados; criação de um banco público de sequências.

    Requisitos do candidato: Os candidatos i) deverão ser graduados do nível superior; ii) não poderão ter reprovações em seu histórico escolar; iii) não poderão ter vínculo empregatício; iv) deverão ter experiência em programação de computadores e/ou bioinformática.

    Inscrições: As inscrições deverão ser realizadas por e-mail, no período de 10/05/2017 a 30/06/2017. Os candidatos deverão enviar: i) histórico escolar da graduação, ii) link para Currículo Lattes, e iii) uma carta de motivação. Enviar o e-mail com a documentação para Professora Tatiana T. Torres (tttorres@ib.usp.br).

    Seleção: Os candidatos pré-selecionados pela avaliação da documentação serão convocados (via e-mail) para uma entrevista. O resultado será divulgado até 15/07/2017.

    Brief description of the project: Developmental stability is the ability of an organism to buffer given traits against environmental and intrinsic perturbations. This may involve physiological, temporal or behavioral adjustments to the developmental program. For instance, if uncoordinated growth is induced in the larval imaginal discs (the precursors of adult appendages) of Drosophila flies, a transient delay in the onset of metamorphosis ensues, allowing extra time for all discs to achieve their species specific size and proportion.

    How exactly this exquisite coordination between growth and developmental timing is achieved is not completely understood. To start gaining insight into how this new developmental stability pathway evolved, we plan to use a combination of molecular genetics, bioinformatics, functional genomics and biochemical assays, and evo-devo approaches mainly with a nematoceran and key Brachycera flies.

    Activities: Assembly of short reads and annotation of the assembled contains; mapping of short reads to annotated contigs; creation and curation of a public sequence database.

    Requirements: Applicants must be graduated and have expertise in computer programming and/or bioinformatics.

    Application: Applicants should send their curriculum vitae and one cover letter to Professor Tatiana T. Torres, by e-mail tttorres@ib.usp.br. The deadline for applications is June 30, 2017.

    Selection: Selected applicants will be contacted by email for an interview. The final result will be available by July 15, 2017.