Bolsa de TT-III em Bioinformática

Level 3-Technical Training Fellowship in Bioinformatics

Nº: 2269

Área de conhecimento: Biologia Geral

Field of knowledge: General biology

Nº do processo FAPESP: 2014/27198-8

FAPESP process: 2014/27198-8

Título do projeto: Estabelecimento de um Centro de Pesquisa Genética e Molecular para Desafios Clínicos

Project title: Establishment of a Center of Genetic and Molecular Research for Clinical Challenges

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatics

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador responsável: João Bosco Pesquero

Principal investigator: João Bosco Pesquero

Unidade/Instituição: Universidade Federal de São Paulo

Unit/Instituition: Universidade Federal de São Paulo

Data limite para inscrições: 31/08/2018

Deadline for submissions: 2018-08-31

Publicado em: 01/08/2018

Publishing date: 2018-08-01

Localização: Rua Pedro de Toledo, 669 - 9.º andar - Vila Clementino, São Paulo

Locale: Rua Pedro de Toledo, 669 - 9.º andar - Vila Clementino, São Paulo

E-mail para inscrições: jbpesquero@gmail.com

E-mail for proposal submission: jbpesquero@gmail.com

  • Resumo Summary

    A bolsa TT-3 aprovada no projeto temático Processo FAPESP 2014/27198-8 consistirá em treinamento técnico em análise e interpretação de Sequenciamentos de Nova Geração, sob a supervisão do Prof. Dr. João Bosco Pesquero do Departamento de Biofísica da EPM-UNIFESP.

    As atividades a seguir serão desenvolvidas ao longo do treinamento de 24 meses:

    • Montagem e alinhamento de sequências obtidas através de NGS no genoma de referência HG19;
    • Chamada de variantes a partir das sequências alinhadas;
    • Análise de cobertura das regiões sequenciadas;
    • Visualização e análise de variantes através do IGV (Integrative Genomics Viewer);
    • Anotação de variantes utilizando o software Annovar;
    • Análise e classificação de variantes com base na metodologia especificada pelo ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics).

    The TT3 fellowship approved on thematic project #2014/27198-8 (granted by the Sao Paulo Research Foundation -- FAPESP) will be addressed to technical training in analysis and interpretation of Next Generation Sequencing data, under supervision of Prof. Dr. João Bosco Pesquero at the Biophysics Department of the Federal University of Sao Paulo's School of Medicine -- EPM/UNIFESP.

    The following activities will be addressed throughout 24 months training program: 

    • Alignment of NGS sequences on HG19 reference genome;
    • Variant calling based on aligned sequences;
    • Sequencing Coverage analysis;
    • IGV (Integrated Genomics Viewer) analysis;
    • Variant annotation with Annovar;
    • Variant analysis and classification based on ACMG (American College of Medical Genetics and Genomics) guidelines.

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