Bolsa de Doutorado Direto em Bioinformática e Genômica

Direct Doctorate Fellowship in Bioinformatics and Genomics

Nº: 2070

Área de conhecimento: Bioquímica

Field of knowledge: Biochemistry

Nº do processo FAPESP: 2014/50921-8

FAPESP process: 2014/50921-8

Título do projeto: Elementos reguladores do metabolismo de carbono em cana-de-açúcar

Project title: Regulatory elements of carbon metabolism in sugarcane

Área de atuação: Bioinformática e Genômica

Working area: Bioinformatics and Genomics

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Glaucia Mendes Souza

Principal investigator: Glaucia Mendes Souza

Unidade/Instituição: Instituto de Química / Universidade de São Paulo

Unit/Instituition: Instituto de Química / Universidade de São Paulo

Data limite para inscrições: 04/05/2018

Deadline for submissions: 2018-05-04

Publicado em: 04/04/2018

Publishing date: 2018-04-04

Localização: Av. Prof. Lineu Prestes, 748, São Paulo

Locale: Av. Prof. Lineu Prestes, 748, São Paulo

E-mail para inscrições: glmsouza@iq.usp.br

E-mail for proposal submission: glmsouza@iq.usp.br

  • Resumo Summary

    O desenvolvimento da tecnologia do bioetanol celulósico tem gerado interesse no desenvolvimento da cana-energia e, para tanto, faz-se necessário modificar suas características, alterando a partição de carbono (de açúcar para biomassa). Tal estratégia envolve o conhecimento das redes de regulação do metabolismo de parede celular secundária, principal componente da biomassa vegetal, bem como o desenvolvimento de ferramentas biotecnológicas para rearranjar as conexões da rede.

    Esta bolsa está vinculada ao Projeto Temático "Redes Regulatórias e Sinalização Associadas a Cana Energia" (processo FAPESP 2014/50921-8), no qual um dos objetivos consiste na identificação de fatores de transcrição (FTs) envolvidos na rede de regulação do metabolismo de carbono. Portanto, o bolsista estará envolvido no:

    (i) Processamento de amostras e análise do transcriptoma de progênies contrastantes para fibra e biomassa;
    (ii) Caracterização da região regulatória dos genes já anotados no genoma de referência de cana-de-açúcar;
    (iii) Desenvolvimento de um pipeline para caracterização e análise de elementos regulatórios;
    (vi) Seleção de FTs envolvidos na regulação do metabolismo de parede celular, com vistas ao melhoramento da cana-de-açúcar e cana-energia. 

    Perfil do Candidato 

    Poderão se inscrever candidatos recém-graduados (ou com conclusão da graduação prevista para até julho de 2018) em Engenharia Agronômica, Ciências Biológicas, Engenharia Química, Química, Matemática, Estatística, Computação, ou áreas afins, NÃO portadores do título de mestre. É essencial que os candidatos apresentem um percurso acadêmico de excelência, experiência em pesquisa e domínio da língua inglesa. Para maiores detalhes sobre o perfil dos candidatos, acesse http://www.fapesp.br/278

    Bolsa de Doutorado Direto 

    A bolsa de Doutorado Direto da FAPESP poderá ter duração máxima de 48 meses. Os valores da bolsa serão de R$ 1.889,40 no primeiro ano, R$ 2.005,50 no segundo ano, R$ 2.784,60 no terceiro ano e R$ 3.446,40 no quarto ano, de acordo com a Tabela de Valores de Bolsas no País, em http://www.fapesp.br/3162

    Inscrições 

    Os candidatos interessados deverão entrar em contato por e-mail (glmsouza@iq.usp.br) indicando como assunto “Bolsa DD Bioinfo” até o dia 04 de maio de 2018 e enviar os seguintes itens: (i) carta de motivação (máximo de uma página), (ii) histórico escolar e (iii) currículo (com destaque para as atividades extracurriculares e relacionadas à pesquisa). 

    Seleção e Início das Atividades 

    Os candidatos pré-selecionados com base na documentação fornecida serão convocados para entrevista (presencial ou via Skype/telefone). As atividades do candidato selecionado após entrevista têm previsão de início imediato após a divulgação do resultado do processo seletivo do programa de pós-graduação em Bioinformática, respeitando os prazos estabelecidos pelo programa (detalhes em https://www.ime.usp.br/bioinfo/pos/edital) e pela FAPESP para implementação da bolsa. As atividades do bolsista serão desenvolvidas no Laboratório de Transdução de Sinal - IQ/USP.

    Advances in the cellulosic bioethanol technology has propelled interest the development of energy cane and, therefore, it is necessary to modify sugarcane by changing the carbon partitioning (from sugar to biomass). This strategy involves the knowledge of regulatory networks of secondary cell wall metabolism, the main component of plant biomass, as well as the development of biotechnological tools to rearrange network connections.

    This scholarship is linked to the Thematic Project "Signaling and regulatory network studies associated to the Energy Cane" (FAPESP process 2014 / 50921-8), in which one of the goals is to identify transcription factors (TFs) involved in the regulation of carbon metabolism. Therefore, the student will be involved in:

    (i) Sample processing and transcriptome analysis of fiber and biomass contrasting progenies;
    (ii) Characterization of the regulatory region of genes already annotated in the sugarcane reference genome;
    (iii) Development of a pipeline suitable for characterization and analysis of regulatory elements and;
    (iv) Selection of TFs involved in the regulation of cell wall metabolism. 

    Candidate Profile 

    The candidate must possess a degree in Agronomic Engineering, Biological Sciences, Chemical Engineering, Chemistry, Mathematics, Statistics, Computing, or related fields, and must NOT possess a master's degree. It is essential that the candidates present a strong academic background, experience in academic research and fluency in English. For more details, access http://www.fapesp.br/278

    Application 

    Interested candidates should contact us by e-mail (glmsouza@iq.usp.br) indicating the subject as “Bolsa DD Bioinfo”, until May 4, 2018 and submit the following items: (i) motivation letter (maximum of one page), (ii) academic record and (iii) curriculum vitae. 

    Selection and Beginning of Activities 

    Pre-selected candidates based will be invited for interview (face-to-face or via Skype/telephone). The activities of the selected candidate will begin immediately after the bioinformatics postgraduate program selection, respecting the deadlines established by the program (details at https://www.ime.usp.br/bioinfo/pos/edital) and FAPESP (Sao Paulo Research Foundation) for the implementation of the scholarship.