Bolsa de PD em Ecologia Microbiana

Post-doctoral Fellowship in Microbial Ecology

Nº: 3139

Área de conhecimento: Microbiologia

Field of knowledge: Microbiology

Nº do processo FAPESP: 2014/50320-4

FAPESP process: 2014/50320-4

Título do projeto: Dimensões US-Biota-São Paulo: Integrando as dimensões da biodiversidade microbiana ao longo da mudança de uso da terra em florestas tropicais

Project title: Dimensions US NSF-FAPESP BIOTA: Integrating the dimensions of microbial biodiversity across land use changes in tropical forests

Área de atuação: Ecologia Microbiana e Bioinformática

Working area: Microbial Ecology and Bioinformatics

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Início: 01/10/2019

Start: 2019-10-01

Pesquisador principal: Tsai Siu Mui

Principal investigator: Tsai Siu Mui

Unidade/Instituição: Centro de Energia Nuclear na Agricultura/USP

Unit/Instituition: Centro de Energia Nuclear na Agricultura/USP

Data limite para inscrições: 14/09/2019

Deadline for submissions: 2019-09-14

Publicado em: 04/09/2019

Publishing date: 2019-09-04

Localização: Av. Centenário, 303, São Dimas, Piracicaba - São Paulo

Locale: Av. Centenário, 303, São Dimas, Piracicaba - São Paulo

E-mail para inscrições: tsai@cena.usp.br

E-mail for proposal submission: tsai@cena.usp.br

  • Resumo Summary

    O bolsista irá participar do sub-projeto: Integração de metadados e análise taxonômica-funcional da comunidade microbiota envolvida na ciclagem do metano em solos da Amazônia Brasileira. 

    Escopo do projeto

    Esta proposta tem como objetivo estudar bactérias e arquéias envolvidas no consumo e emissão de metano em solos sob diferentes usos da terra em comparação com a floresta natural (Amazônia).

    Estamos investigando várias capacidades metabólicas por meio da modelagem in silico e integração funcional de dados ômicos. A avaliação das frações funcionais das comunidades será mediada pela análise de isótopos estáveis (SIP) e também pelo isolamento de organismos envolvidos no ciclo do metano.

    Com base nas duas características, isolados de DNA/RNA e marcados com SIP servirão para reconstrução metabólica, gerando um conjunto inovador de dados de genes ativos presentes em solos sob diferentes usos. A integração desses dados com outras dimensões da biodiversidade na Amazônia pode levar a um modelo cuja plataforma será validada para futuras pesquisas sobre estados funcionais microbianos para processos de consumo e emissão de metano microbiano.

    Habilidades Desejáveis

    Os candidatos devem ter conhecimento prévio de microbiologia ou áreas afins e também devem ter habilidades em análise independente da cultura da comunidade microbiana, como extração de DNA/RNA, sequenciamento de DNA, bioinformática, modelagem e análise estatística.

    Assim, é extremamente desejável que os candidatos apresentem conhecimento em software e plataformas para análise em larga escala (MG-RAST, QIIME, IMG/M, entre outros), e também conhecimento em diferentes linguagens computacionais como Python, Unix e R para análise estatística e modelagem.

    O(a) candidato(a) selecionado(a) estará envolvido em todas as etapas da aquisição de dados microbiológicos, medições 12CH4 e 13CH4, incluindo a participação em expedições de campo. A proficiência em inglês é desejável, pois facilitará a interação com outros estudantes e técnicos estrangeiros que já estão trabalhando no projeto. A experiência internacional é altamente desejável, evidenciada por pelo menos 6 meses no exterior.

    A vaga está aberta a brasileiros e estrangeiros. O selecionado receberá Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP no valor de R$ 7.373,10 mensais e Reserva Técnica equivalente a 15% do valor anual da bolsa para atender a despesas imprevistas e diretamente relacionadas à atividade de pesquisa. 

    The fellow will participate in the sub-project: Metadata integration and taxonomic-functional analysis of the microbial community involved in methane cycling in soils of the Brazilian Amazon. 

    Project Scope

    This proposal aims to study Bacteria / Archaea involved in methane consumption / emission in soils under different land uses compared to the natural forest (Amazon).

    We are investigating various metabolic capabilities through in silico modeling and functional integration of omic data. The evaluation of the functional fractions of the communities will be mediated by Stable Isotope Probing (SIP) analysis and also by the isolation of organisms involved in the methane cycle.

    Based on both features, DNA / RNA and SIP-labeled isolates will serve for metabolic reconstruction, generating an innovative set of data from active genes present in soils under different uses. The integration of such data with other dimensions of biodiversity in the Amazon may lead to a model whose platform will be validated for future research on microbial functional states for microbial methane consumption / emission processes.

    Desirable Skills: Applicants must have prior knowledge of microbiology or related fields and also have skills in independent analysis of microbial community culture such as DNA / RNA extraction, DNA sequencing, bioinformatics, modeling and statistical analysis.

    Thus, it is extremely desirable for candidates to present knowledge in software and platforms for large-scale analysis (MG-RAST, QIIME, IMG / M, among others), and also knowledge in different computational languages like Python, Unix and R for statistical analysis and modeling.

    The selected candidate will be involved in all stages of microbiological data acquisition, 12CH4 and 13CH4 measurements, including participation in expeditions. Proficiency in English is desirable as it will facilitate interaction with other national and foreign students and technicians who are already working on the project. International experience is highly desirable, evidenced by at least 6 months abroad.

    This opportunity is open to candidates of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP’s Post-Doctoral fellowship in the amount of BRL 7.373,10 monthly and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.