Bolsa de TT-V em Bioinformática

Level 5-Technical Training Fellowship in Bioinformatics

Nº: 6638

Área de conhecimento: Ciência da Computação

Field of knowledge: Computer science

Nº do processo FAPESP: 2021/10577-0

FAPESP process: 2021/10577-0

Título do projeto: Desenvolvimento de pipelines, bancos de dados e interfaces web para genômica comparativa

Project title: Development of pipelines, datasets and interfaces

Área de atuação: Bioinformática / Bioquímica de Microrganismos

Working area: Bioinformatics / Biochemistry of Microorganisms

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador responsável: Shaker Chuck Farah

Principal investigator: Shaker Chuck Farah

Unidade/Instituição: Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo (ICB-USP)

Unit/Instituition: Instituto de Ciências Biomédicas, Universidade de São Paulo (ICB-USP)

Data limite para inscrições: 31/03/2024

Deadline for submissions: 2024-03-31

Publicado em: 21/12/2023

Publishing date: 2023-12-21

Localização: Av Professor Lineu Prestes, 1374 (Prédio do ICB II), São Paulo

Locale: Av Professor Lineu Prestes, 1374 (Prédio do ICB II), São Paulo

E-mail para inscrições: cepid-b3@iq.usp.br

E-mail for proposal submission: cepid-b3@iq.usp.br

  • Resumo

    O bolsista será responsável pelo desenvolvimento de novos softwares e rotinas de análise para genômica comparativa e a análise de estruturas de proteínas, bem como pela instalação, disponibilização e suporte para softwares e pipelines usados nas mesmas áreas.

    As atividades serão desenvolvidas no Instituto de Ciências Biomédicas em São Paulo, capital, dentro do escopo do Centro de Pesquisa em Biologia de Bactérias e Bacteriófagos (CEPID B³), um dos Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão apoiados pela FAPESP. O CEPID B³ é sediado pelo Instituto de Química da Universidade de São Paulo (IQ-USP) e tem no Instituto de Ciências Biomédicas (ICB-USP) uma de suas instituições associadas.

    Requisitos mínimos:

    - Formação em Computação, Sistemas de Informação, Bioinformática, Engenharia de Software ou áreas correlatas;

    - Experiência mínima de dois anos em projetos de bioinformática envolvendo desenvolvimento de pipelines ou softwares de análise de dados biológicos e/ou Doutorado na área;

    - Experiência com montagem/gerenciamento de pipelines de bioinformática com aplicações em genômica, transcriptômica e/ou biologia estrutural;

    - Conhecimentos em administração de sistemas Unix/Linux;

    - Experiência no desenvolvimento de scripts e programação orientada a objetos;

    - Competências diferenciadoras: domínio de linguagens de programação Python e R, Perl; experiência no desenvolvimento de algoritmos de análise em bioinformática; Competência em métodos análises de dados, incluindo a utilização e o desenvolvimento de redes neurais profundas; proficiência no uso de estatística e em desenvolvimento/integração de aplicativos web.

    Informações sobre requisitos e benefícios da Bolsa FAPESP de Treinamento Técnico nível cinco (TT-V) estão disponíveis em https://fapesp.br/3098 e https://fapesp.br/3162.

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