Bolsa de PD em Bioinformática e Citogenômica

Post-doctoral Fellowship in Bioinformatics and Cytogenomics

Nº: 2796

Área de conhecimento: Genética

Field of knowledge: Genetics

Nº do processo FAPESP: 2015/16661-1

FAPESP process: 2015/16661-1

Título do projeto: Cromossomos sexuais, cromossomos B e seus enigmas: sistemas modelo para estudos de evolução cromossômica e genômica

Project title: Sex and B chromosome enigmas: model systems for the study of chromosome and genome evolution

Área de atuação: Bioinformática e Citogenômica

Working area: Bioinformatics and Cytogenomics

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Início: 01/09/2019

Start: 2019-09-01

Pesquisador principal: Cesar Martins

Principal investigator: Cesar Martins

Unidade/Instituição: Instituto de Biociências de Botucatu, Universidade Estadual Paulista

Unit/Instituition: Instituto de Biociências de Botucatu, Universidade Estadual Paulista

Data limite para inscrições: 31/07/2019

Deadline for submissions: 2019-07-31

Publicado em: 08/04/2019

Publishing date: 2019-04-08

Localização: Rua Prof. Zanin, 250 – Departmento de Morfologia, Instituto de Biociências, Botucatu

Locale: Rua Prof. Zanin, 250 – Departmento de Morfologia, Instituto de Biociências, Botucatu

E-mail para inscrições: cesar.martins@unesp.br

E-mail for proposal submission: cesar.martins@unesp.br

  • Resumo Summary

    O Laboratório de Genômica Integrativa (www.ibb.unesp.br/lgi), localizado no Câmpus de Botucatu da Universidade Estadual Paulista, por meio de auxílio financeiro da FAPESP (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo), oferece uma bolsa de pós-doutorado para Doutores com expressivo potencial em pesquisa para trabalhar no subprojeto “Em direção a uma visão funcional da biologia cromossômica de elementos B e sua interface com cromossomos sexuais”, parte do Projeto Temático FAPESP “Cromossomos sexuais, cromossomos B e seus enigmas: sistemas modelo para estudos de evolução cromossômica e genômica” (processo 2015/16661-1). A data de início está prevista para 1º de setembro de 2019.

    Benefícios

    - Bolsa: mensal, no valor de R$ 7,373.10, com duração de 24 meses;
    - Gastos com Mudança/Transporte: um pagamento mensal adicional (pago conjuntamente com a primeira mensalidade da bolsa) e gastos com transporte para mudança para a cidade de Botucatu, SP, Brasil, caso o deslocamento seja acima de 350 Km;
    - Reserva Técnica: 15% do valor anual da bolsa, para uso em atividades desenvolvidas pelo bolsista, estritamente relacionadas ao projeto de pesquisa. 

    Detalhes sobre a bolsa e obrigações do candidato podem ser obtidos em http://www.fapesp.br/bolsas/pd

    Descrição do Trabalho

    Esta proposta é parte de um projeto de pesquisa mais amplo, envolvendo genômica estrutural e funcional, citogenética, bioinformática e biologia sistêmica, direcionado ao estudo de cromossomos B e sexuais em distintos modelos animais (insetos, peixes e roedores). Seu principal objetivo é ampliar o conhecimento das bases moleculares que governam a história evolutiva de tais cromossomos.  

    Obrigações Gerais: Montagem e anotação genômica, busca de sequências em cromossomos B e sexuais, rearranjos genômicos, análise de transcriptomas e microRNômicas, análise de enriquecimento gênico, proteômica e construção de redes de proteínas. 

    Habilidades essenciais e experiência

    - Doutorado em uma das seguintes áreas: genética, biologia molecular, bioquímica, bioinformática ou campos equivalentes;
    - Experiência com bioinformática aplicada a montagem genômica, anotação genômica e análise de transcriptomas (mapeamento/montagem, anotação, análise de expressão diferencial, ontologia gênica e descrições de vias metabólicas);
    - Experiência com bioinformática aplicada à proteômica (espectrometria de massa) (desejável, mas não obrigatório);
    - Proficiência em Inglês escrito e falado; 
    - Programação em Python, ou Pearl ou C++ (obrigatório);
    - Análise de dados gráficos com R, Python, Wolfram ou similar;
    - Matemática ou Estatística Geral (desejável, mas não obrigatório);
    - Liderança e trabalho em grupo;
    - Criticismo científico;
    - Mente aberta, criativa e cooperativa. 

    Nós oferecemos

    - Um grupo de trabalho em que a confiança, a colaboração internacional e o compromisso são essenciais;
    - Acesso a ferramentas e infraestrutura de última geração;
    - Um ambiente estimulante e de apoio à pesquisa. 

    Como inscrever-se 

    Para que sua solicitação seja analisada, os seguintes documentos devem ser encaminhados até 31 de julho de 2019, por e-mail, para o Dr. Cesar Martins (cesar.martins@unesp.br): 

    1) Currículo;
    2) Carta de motivação, salientando os detalhes de seus interesses de pesquisa, especialidades, disponibilidade e qualquer outra informação relevante para a solicitação;
    3) Duas cartas de referência (podem ser e-mails) de professores/supervisores prévios ou de colaboradores;
    4) Cópia do diploma ou certificado de Doutorado. 

    Todos os documentos devem ser apresentados em Inglês ou Português. 

    Para outras informações, entrar em contato com o Dr. Cesar Martins (cesar.martins@unesp.br).  

    The Integrative Genomics Laboratory (www.ibb.unesp.br/lgi), hosted by São Paulo State University (UNESP), Brazil, and funded by the São Paulo Research Foundation (FAPESP) is offering a post-doctoral fellowship for PhDs with outstanding research potential to work on subproject “Towards a functional view of B chromosome biology and its interface with sex chromosomes”, part of the FAPESP Thematic Project “Sex and B chromosome enigmas: model systems for the study of chromosome and genome evolution” (grant number 2015/16661-1). Starting date of activities will be September 1st, 2019.

    Benefits:

    - Fellowship: monthly stipend of R$ 7,373.10, with duration of 24 months;
    - Travel/Moving support: one additional monthly stipend (paid with the 1st fellowship payment) and flight tickets to support moving to Botucatu, SP, Brazil;
    - Research Contingency Funds: 15 per cent of the annual value of the fellowship for use in activities developed by the fellowship holder, strictly related to the fellowship research project;

    For details on the fellowship and candidate obligations, check http://www.fapesp.br/en/postdoc.

    Job Description

    This project is part of a major project involving structural and functional genomics, cytogenetics, bioinformatics and systems biology applied to the study of sex and B chromosomes in different animal models (fishes and insects). The general aim is to advance in the knowledge of the molecular basis that governs the evolutionary history of these chromosomes.

    General Tasks: Genome assembling and annotation, search of B and sex chromosomes sequences, genome rearrangements, transcriptomes and microRNomes analysis, gene enrichment analysis, proteomes, and protein networks construction.

    Essential skills and experience

    - PhD in one of following areas: genetics, molecular biology, biochemistry, bioinformatics or equivalent fields;
    - Experience with bioinformatics applied to genome assembling, genome annotation and transcriptome analysis (mapping/assembling, annotation, differential expression analysis, gene ontology and metabolic pathways descriptions);
    - Experience with bioinformatics applied in proteomics (mass spectrometry) (desirable, but not required);
    - Proficiently in written and spoken English;
    - Programing in Python, or Pearl or C++ (mandatory);
    - Graphical data analysis with R, Python, Wolfram, or similar;
    - General statistics or math (desirable but not required);
    - Leadership and group work;
    - Scientific criticism;
    - Open minded, creative and cooperative.

    We offer

    - A working team where trust, international collaboration, and commitment are essential;
    - Access to state-of-the-art tools and infrastructure;
    - A stimulating and supportive research environment.

    How to apply

    In order for your application to be processed, the following documents must be submitted by e-mail to Dr. Cesar Martins (cesar.martins@unesp.br) until July 31, 2019:

    1) Curriculum;
    2) Motivation letter outlining details of research interests, expertise, availability, and any further information relevant to the application;
    3) Two reference letters (e-mails accepted) from previous professors/advisors/co-workers;
    4) Copy of PhD degree certificate.

    All documents must be presented in English or Portuguese.

    For further information please contact Dr. Cesar Martins (cesar.martins@unesp.br).