Bolsa de PD em Bioinformática

Post-doctoral fellowship in Bioinformatics

Nº: 1634

Área de conhecimento: Genética

Field of knowledge: Genetics

Nº do processo FAPESP: 2015/16661-1

FAPESP process: 2015/16661-1

Título do projeto: Cromossomos sexuais, cromossomos B e seus enigmas: sistemas modelo para estudos de evolução cromossômica e genômica

Project title: Sex and B chromosome enigmas: model systems for the study of chromosome and genome evolution

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatics

Início: 01/02/2018

Start: 2018-02-01

Pesquisador principal: Cesar Martins

Principal investigator: Cesar Martins

Unidade/Instituição: Instituto de Biociências - Universidade Estadual Paulista / Unesp

Unit/Instituition: Instituto de Biociências - Universidade Estadual Paulista / Unesp

Data limite para inscrições: 30/08/2017

Deadline for submissions: 2017-08-30

Publicado em: 29/06/2017

Publishing date: 2017-06-29

Localização: Rua Prof Zanin, 250, 18618-689, Botucatu, SP

Locale: Rua Prof Zanin, 250, 18618-689, Botucatu, SP

E-mail para inscrições: cmartins@ibb.unesp.br

E-mail for proposal submission: cmartins@ibb.unesp.br

  • Resumo Summary

    O Laboratório de Genômica Integrativa, localizado no Campus de Botucatu da Universidade Estadual Paulista, por meio de auxílio financeiro da FAPESP (Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo), oferece uma bolsa de Pós-Doutorado para Doutores com expressivo potencial em pesquisa.

    Título do projeto: Em direção a uma visão funcional da biologia cromossômica de elementos B e sua interface com cromossomos sexuais.
    Data de início: 1o. de fevereiro de 2018.
    Prazo final para solicitação: 30 de agosto de 2017.
    Duração: 24 meses, podendo ser ampliado para até 48 meses.
    Instituição: O bolsista irá trabalhar no Laboratório de Genômica Integrativa (www.ibb.unesp.br/lgi), Instituto de Biociências, Universidade Estadual Paulista (Unesp), Botucatu, SP, Brasil. Endereço: Rua Prof. Zanin, 250. CEP 18618-689. Botucatu, SP, Brasil.
    Agência financiadora: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - FAPESP.

    Benefícios
    Bolsa: mensal, no valor de R$ 6.819,30, R$ 81.831,60/ano.
    Gastos com mudança/transporte: um pagamento mensal adicional (pago conjuntamente com a primeira mensalidade da bolsa) e gastos com transporte para mudança para a cidade de Botucatu, SP, Brasil, caso o deslocamento seja acima de 350Km.
    Reserva técnica: 15% do valor anual da bolsa, para uso em atividades desenvolvidas pelo bolsista, estritamente relacionadas ao projeto de pesquisa.

    Detalhes sobre a bolsa e obrigações do candidato podem ser obtidos em www.fapesp.br/en/postdoc.

    Descrição do trabalho
    Esta proposta é parte de um projeto de pesquisa mais amplo, envolvendo genômica estrutural e funcional, citogenética, bioinformática e biologia sistêmica, direcionado ao estudo de cromossomos B e sexuais em distintos modelos animais (peixes e insetos). Seu principal objetivo é ampliar o conhecimento das bases moleculares que governam a história evolutiva de tais cromossomos.

    Obrigações gerais: Montagem e anotação genômica, busca de sequências em cromossomos B e sexuais, rearranjos genômicos, análise de transcriptomas e microRNômicas, análise de enriquecimento gênico, proteômica e construção de redes de proteínas.

    Habilidades essenciais e experiência 
    - Doutorado em uma das seguintes áreas: genética, biologia molecular, bioquímica, bioinformática ou campos equivalentes;
    - Experiência com bioinformática aplicada à montagem genômica, anotação genômica e análise de transcriptomas (mapeamento/montagem, anotação, análise de expressão diferencial, ontologia gênica e descrições de vias metabólicas);
    - Experiência com bioinformática aplicada à proteômica (espectrometria de massa) (desejável, mas não obrigatório);
    - Proficiência em Inglês escrito e falado;
    - Programação em Python, ou Pearl ou C++ (obrigatório);
    - Análise de dados gráficos com R, Python, Wolfram ou similar;
    - Matemática ou Estatística Geral (desejável, mas não obrigatório);
    - Liderança e trabalho em grupo;
    - Criticismo científico;
    - Mente aberta, criativa e cooperativa.

    Nós oferecemos
    - Um grupo de trabalho em que a confiança, a colaboração internacional e o compromisso são essenciais;
    - Acesso a ferramentas e infraestrutura de última geração;
    - Um ambiente estimulante e de apoio à pesquisa.

    Como inscrever-se 
    Para que sua solicitação seja analisada, os seguintes documentos devem ser encaminhados, por e-mail, para o Dr. Cesar Martins (cmartins@ibb.unesp.br):
    1) Currículo;
    2) Carta de motivação, salientando os detalhes de seus interesses de pesquisa, especialidades, disponibilidade e qualquer outra informação relevante para a solicitação;
    3) Duas cartas de referência (podem ser e-mails) de professores/supervisores prévios ou de colaboradores;
    4) Cópia do diploma ou certificado de Doutorado.

    Todos os documentos devem ser apresentados em Inglês ou Português.

    Para outras informações, entrar em contato com o Dr. Cesar Martins: cmartins@ibb.unesp.br.

    The Integrative Genomics Laboratory, hosted by São Paulo State University, Brazil, and funded by FAPESP (São Paulo Research Foundation), is offering a postdoctoral fellowship for PhDs with outstanding research potential.

    Project title: Towards a functional view of B chromosome biology and its interface with sex chromosomes.
    Starting date: February 1st, 2018.
    Application deadline: August 30th, 2017.
    Duration: 24 months that can last up to 48 months.
    Institution: The fellowship holder will work in the Integrative Genomics Laboratory (www.ibb.unesp.br/lgi), Institute of Biosciences, São Paulo State University (Unesp), Botucatu, SP, Brazil. Address: Rua Prof Zanin, 250. 18618-689. Botucatu, SP, Brazil.
    Funding agency: São Paulo Research Foundation - FAPESP.

    Benefits
    Fellowship:
    monthly stipend of R$ 6,819.30; R$ 81,831.60/year (~US$ 24,800.00/year).
    Travel/moving support: one additional monthly stipend (paid with the 1st fellowship payment) and flight tickets to support moving to Botucatu, SP, Brazil.
    Research Contingency Funds: 15 per cent of the annual value of the fellowship for use in activities developed by the fellowship holder, strictly related to the fellowship research project.

    For details on the fellowship and candidate obligations, check www.fapesp.br/en/postdoc.

    Job description
    This project is part of a major project involving structural and functional genomics, cytogenetics, bioinformatics and systems biology applied to the study of sex and B chromosomes in different animal models (fishes and insects). The general aim is to advance in the knowledge of the molecular basis that governs the evolutionary history of these chromosomes.

    General tasks: Genome assembling and annotation, search of B and sex chromosomes sequences, genome rearrangements, transcriptomes and microRNomes analysis, gene enrichment analysis, proteomes, and protein networks construction.

    Essential skills and experience
    - PhD in one of following areas: genetics, molecular biology, biochemistry, bioinformatics or equivalent fields;
    - Experience with bioinformatics applied to genome assembling, genome annotation and transcriptome analysis (mapping/assembling, annotation, differential expression analysis, gene ontology and metabolic pathways descriptions);
    - Experience with bioinformatics applied in proteomics (mass spectrometry) (desirable, but not required);
    - Proficiently written and spoken English;
    - Programing in Python, or Pearl or C++ (mandatory);
    - Graphical data analysis with R, Python, Wolfram, or similar;
    - General statistics or math (desirable but not required);
    - Leadership and group work;
    - Scientific criticism;
    - Open minded, creative and cooperative.

    We offer
    - A working team where trust, international collaboration, and commitment are essential;
    - Access to state-of-the-art tools and infrastructure;
    - A stimulating and supportive research environment.

    How to apply
    For your application to be processed, the following documents must be submitted by e-mail to Dr. Cesar Martins (cmartins@ibb.unesp.br):
    1) Curriculum;
    2) Motivation letter outlining details of research interests, expertise, availability, and any further information relevant to the application;
    3) Two reference letters (e-mails accepted) from previous professors/advisors/co-workers;
    4) Copy of PhD degree certificate.

    All documents must be presented in English or Portuguese.

    For further information please contact Dr. Cesar Martins: cmartins@ibb.unesp.br.