Bolsa de PD em Genética Molecular do Desenvolvimento Vegetal

Post-doctoral Fellowship in Molecular Genetics of Plant Development

Nº: 3080

Área de conhecimento: Genética

Field of knowledge: Genetics

Nº do processo FAPESP: 2018/17441-3

FAPESP process: 2018/17441-3

Título do projeto: Controle Molecular da arquitetura vegetal: interconexão entre microRNAs, fatores de transcrição e fitohormônios

Project title: Molecular control of shoot architecture: interplay between microRNAs, transcription factors and phytohormones

Área de atuação: Genética Molecular do Desenvolvimento Vegetal

Working area: Molecular Genetics of Plant Development

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Fabio Tebaldi Silveira Nogueira

Principal investigator: Fabio Tebaldi Silveira Nogueira

Unidade/Instituição: ESALQ/USP

Unit/Instituition: ESALQ/USP

Data limite para inscrições: 04/10/2019

Deadline for submissions: 2019-10-04

Publicado em: 13/08/2019

Publishing date: 2019-08-13

Localização: Avenida Pádua Dias, 11, Piracicaba

Locale: Avenida Pádua Dias, 11, Piracicaba

E-mail para inscrições: ftsnogue@usp.br

E-mail for proposal submission: ftsnogue@usp.br

  • Resumo Summary

    O grupo de pesquisa em Genética Molecular do Desenvolvimento Vegetal está aceitando inscrições para uma bolsa de pós-doutorado. Procuramos candidatos com grande potencial de pesquisa no âmbito do projeto “Estudo da interconexão entre vias controladas por giberelina e por microRNAs”, associado ao Projeto Temático FAPESP “Controle Molecular da arquitetura vegetal: interconexão entre microRNAs, fatores de transcrição e fitohormônios” (Processo nº 2018/17441-3). 

    Os microRNAs e seus genes-alvo são fundamentais para o desenvolvimento e crescimento vegetal, podendo afetar, desta forma, a produtividade agrícola. De fato, várias vias genéticas controladas por microRNAs têm sido identificadas como “hubs” regulatórios para manipulação de diversos aspectos agronômicos1. O ajuste fino do nível de expressão dos genes alvos de microRNAs pode levar a otimização de várias características agronômicas, tais como as observadas no mutante de arroz SPL/IPA1 (Ideal Plant Architecture 1). Este mutante possui mutação sinônima no sítio de reconhecimento do miR156 no gene SPL/IPA1, tornando esse gene insensível a regulação por esse microRNA2. Embora seja raro a identificação deste tipo de mutante de “ganho-de-função”, o uso de técnicas como CRISPR/Cas9 baseada em edição de base única3 pode favorecer a geração de mutantes com ganho e perda de função. 

    Portanto, os principais objetivos do projeto de pós-doutorado são:

    1) Gerar mutantes de tomateiro (Solanum lycopersicum) para genes alvos selecionados de microRNAs utilizando a tecnologia CRISPR/Cas9 baseada em edição de base única; e
    2) Caracterizar fenotípica e molecularmente os mutantes CRISPR/Cas9, com o intuito de determinar as possíveis modificações associadas ao estabelecimento da arquitetura vegetativa e reprodutiva de tomateiro. 

    O candidato selecionado irá trabalhar no Departamento de Ciências Biológicas (ESALQ-USP), no laboratório GMDV, coordenado pelo Prof. Fabio Nogueira. Entretanto, o candidato selecionado deverá trabalhar um período de 6-8 meses no laboratório do Dr. Thomas Jacobs, VIB, Bélgica. No laboratório do Dr. Jacobs, o candidato selecionado irá gerar e testar os vetores CRISPR/Cas9 baseados em edição de base única. 

    Requerimentos e obrigações do candidato

    Os candidatos devem ter concluído o doutorado na área de genética vegetal ou fisiologia e bioquímica vegetal há menos de sete anos. Será dada preferência a candidatos com experiência prévia nos tópicos do projeto, principalmente aos relacionados a microRNAs, desenvolvimento vegetal, edição gênica e transformação de plantas. O contrato da bolsa exige dedicação exclusiva a esta atividade e o beneficiário não pode possuir vínculo empregatício nem receber outros tipos de auxílio financeiro durante a vigência da bolsa. O beneficiário deverá submeter relatórios periódicos sobre o andamento da pesquisa e não pode se afastar da instituição sede por períodos longos, salvo para fins de pesquisa e participação em congressos científicos. 

    Duração e valor da bolsa

    A bolsa tem inicialmente a duração de dois anos. Há a possibilidade de renová-la duas vezes por 12 meses cada, completado um total de 48 meses, sob condições que incluem a recomendação do supervisor baseada no rendimento científico do candidato, e a disponibilidade de fundos. O valor da bolsa FAPESP de pós-doutorado é de R$ 7.373,10. Ela inclui reserva técnica para uso exclusivo em atividades estritamente relacionadas com o desenvolvimento do projeto, no valor equivalente a 15% do valor anual da bolsa. 

    Instruções para a inscrição

    Para inscrever-se, o candidato deve enviar para ftsnogue@usp.br os seguintes documentos:

    • PDF único contendo: carta de motivação (1 pg), currículo Lattes atualizado (http://lattes.cnpq.br/), e duas cartas de recomendação;
    • Para candidatos estrangeiros, cópia do visto temporário ou permanente compatível com as atividades propostas;
    • Cópia do diploma/certificado de Doutorado. 

    Cronograma

    • Prazo para inscrições: 04/10/2019
    • Anúncio do resultado: O candidato selecionado será notificado via e-mail
    • A implementação da bolsa seguirá as regras do programa de bolsas de pós-doutorado da FAPESP (http://www.fapesp.br/270)

    Referências e links úteis

    1 1. Tang J, Chu C. MicroRNAs in crop improvement: fine-tuners for complex traits. Nature Plants 3:17077. (2017)

    2 Jiao Y, Wang Y, Xue D, et al. Regulation of OsSPL14 by OsmiR156 defines ideal plant architecture in rice. Nature Genetics 42:541-544. (2010)

    3 Kim JS. Precision genome engineering through adenine and cytosine base editing. Nature Plants 4(3):148-151. (2018)

    4 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/tpj.12493

    5 https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.15492

    6 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.01760/full

    The Molecular Genetics of Plant Development research group at University of São Paulo’s Luiz Queiroz College of Agriculture (ESALQ-USP) is accepting applications for one post-doc position. We are looking for highly motivated and skilled candidates to develop a post-doc project within the scope of main project “Study of the interplay between gibberellin and microRNA-controlled pathways,” which is associated with the Thematic Project “Molecular control of shoot architecture: interplay between microRNAs, transcription factors and phytohormones” (grant number 2018 / 17441-3). 

    MicroRNAs and targets are fundamentals for plant growth and development, controlling crop yield. Indeed, several pathways regulated by microRNAs have been identified as regulatory “hubs” to manipulate distinct agronomical traits, such as the timing of vegetative and reproductive phase change, leaf development, tillering / branching, panicle / tassel architecture, fruit development, and fertility1. Fine-tuning miRNA target expression levels may lead to the optimization of their effects in plant architecture and seed / grain production. For example, the characterization of a semi-dominant quantitative trait locus, IPA1 (Ideal Plant Architecture 1) demonstrated the importance of the miR156-SPL module for crop improvement. IPA1 was generated by a point synonymous mutation in rice SPL14 locus that perturbs miR156-directed regulation of SPL14, generating an “ideal” rice plant2. Although it is rare to identify point mutations that perturbs miRNA:target interactions such as the IPA1, the use of novel CRISPR-associated protein 9 (Cas9)-based techniques may help to circumvent this difficult3

    Therefore, the specific objectives of this post-doc project are the following:

    1) To create CRISPR/Cas9-based vectors targeting selected miRNA targets; 
    2) To generate CRISPR/Cas9-based mutants using the Base Editor (BE) technology;
    3) To characterize phenotypically and molecularly the CRISPR/Cas9-based tomato mutants regarding the establishment of vegetative architecture and reproductive development. 

    The selected candidate will work mostly at the Department of Biological Sciences (ESALQ-USP), in the Laboratory for Molecular Genetics of Plant Development (GMDV lab) coordinated by Prof. Fabio Nogueira. However, the selected candidate will also expend six to eight months in Dr. Thomas Jacobs lab, at VIB-Belgium. In Dr. Jacobs lab, the candidate will be responsible to generate and test CRISPR/Cas9-based vectors. 

    Candidate’s requirements

    The candidates must have obtained a PhD degree in Plant Genetics or Plant Physiology or Plant Biochemistry less than seven years ago. A strong background in developmental biology, genome editing, and experience with plant genetic transformation is highly advantageous. 

    Duration of the fellowship

    Initially, the post-doc fellowship is for two years, renewable twice of 12 months, totalizing 48 months, depending on superviser’s recommendation and available budge. The selected candidate will receive a Post-Doctoral fellowship funded by the São Paulo Research Foundation (FAPESP) in the amount of R$ 7,373.10 monthly and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.

    How to apply

    Please, send the following documents to ftsnogue@usp.br:

    • A single PDF that includes curriculum vitae, motivation letter (one page), and contact details of two referees;
    • Copy of PhD certificate or Degree.

    Application deadline is October 4, 2019. Post-doc fellowship implementation will follow the FAPESP rules (http://www.fapesp.br/en/postdoc). 

    References and links

    1 Tang J, Chu C. MicroRNAs in crop improvement: fine-tuners for complex traits. Nature Plants 3:17077. (2017)

    2 Jiao Y, Wang Y, Xue D, et al. Regulation of OsSPL14 by OsmiR156 defines ideal plant architecture in rice. Nature Genetics 42:541-544. (2010)

    3 Kim JS. Precision genome engineering through adenine and cytosine base editing. Nature Plants 4(3):148-151. (2018)

    4 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/tpj.12493

    5 https://nph.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/nph.15492

    6 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2018.01760/full