Bolsas de TT-V em Bioinformática

Level 54-Technical Training Fellowships in Bioinformatic

Nº: 2008

Área de conhecimento: Biologia Geral

Field of knowledge: General biology

Nº do processo FAPESP: 2016/23218-0

FAPESP process: 2016/23218-0

Título do projeto: Centro de Pesquisa em Genômica Aplicada as mudanças climáticas

Project title: The Genomics for Climate Change Research Center

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatic

Quantidade de vagas: 2

Number of places: 2

Pesquisador principal: Paulo Arruda

Principal investigator: Paulo Arruda

Unidade/Instituição: CBMEG/UNICAMP

Unit/Instituition: CBMEG/UNICAMP

Data limite para inscrições: 14/04/2018

Deadline for submissions: 2018-04-14

Publicado em: 14/03/2018

Publishing date: 2018-03-14

Localização: Avenida Cândido Rondon, 400 - Cidade Universitária, Campinas

Locale: Avenida Cândido Rondon, 400 - Cidade Universitária, Campinas

E-mail para inscrições: vagas.gccrc@unicamp.br

E-mail for proposal submission: vagas.gccrc@unicamp.br

  • Resumo Summary

    O Centro de Pesquisa em Genômica para Mudanças Climáticas (GCCRC) é uma iniciativa de pesquisa conjunta entre a Embrapa e a Unicamp, co-financiada pela FAPESP, cujo principal objetivo é a adaptação genética das espécies de culturas às tensões impostas pela mudança climática global. O GCCRC opera com base em um pipeline de biotecnologia agrícola que se concentra na criação de ativos que serão transferidos para a sociedade e para o setor agrícola. O pipeline do GCCRC abrange várias fases, desde a identificação de genes candidatos até a prova de conceito em condições de ensaios de campo, e alavanca uma forte rede internacional de colaboradores, entre eles parceiros acadêmicos e privados. 

    Compreender como as plantas evoluem em ambientes limitantes e sofrer uma série de mudanças morfológicas, fisiológicas, bioquímicas e moleculares sob estresses que afetam negativamente o crescimento e a produtividade pode contribuir para moldar a segurança alimentar global nas próximas décadas. A investigação de espécies selvagens, como plantas extremofílicas e tolerantes à dessecação, pode fornecer conhecimento sobre se a tolerância das plantas aos ambientes marginais é uma questão de aquisição de novos genes ou relacionada a um conjunto de genes comuns que são regulados diferencialmente.

    O GCCRC tem duas vagas abertas para especialistas em bioinformática ou biologia computacional. Os candidatos selecionados vão liderar esforços para realizar a montagem do genoma e a comparação de características do genoma, incluindo: (1) estrutura do genoma e estatísticas gerais do genoma, repetições, rearranjo do genoma tanto no nível de DNA quanto no gene, sintenia e pontos de interrupção; (2) regiões de codificação incluindo conteúdo de genes, conteúdo de proteínas, orthologs e paralogs; e (3) regiões não codificantes, incluindo a predição de elementos reguladores de diferentes espécies de plantas de interesse. 

    O candidato bem sucedido terá uma base sólida na montagem do genoma e genômica comparativa. Os candidatos com curiosidade e vontade de aprender terão inúmeras oportunidades para exercê-las. 

    Qualificações básicas 

    • Mestrado ou superior em bioinformática, informática, genômica ou um campo relacionado, com pelo menos 2 anos de experiência prática com métodos de bioinformática;
    • Fluência com script de shell Linux e computação de alto desempenho;
    • Fluência nas linguagens de programação comumente usadas em bioinformática (como Python ou R);
    • Experiência na montagem do genoma;
    • Proficiência em Inglês. 

    Para aplicação, envie Curriculum vitae, carta de apresentação, carta de recomendação e dois contatos para referência.

    The Genomics for Climate Change Research Center (GCCRC) is a joint research initiative between EMBRAPA and UNICAMP, co-funded by FAPESP, whose main goal is the genetic adaptation of crop species to stresses imposed by global climate change. The GCCRC operates based on an agricultural biotechnology pipeline that focuses at the creation of assets that will be transferred to the society and the agricultural sector. The GCCRC pipeline spans several phases, from the identification of candidate genes through the proof of concept under field trial conditions, and leverages a strong international network of collaborators, among them academic and private partners. 

    Understanding how plants evolve in limiting environments and undergo a series of morphological, physiological, biochemical and molecular changes under stresses that adversely affect growth and productivity can contribute to shaping global food security over the next decades. The investigation of wild species such as extremophilic and desiccation-tolerant plants can provide knowledge as to whether plant tolerance to marginal environments is a matter of acquisition of novel genes or related to a set of common genes that are differentially regulated.

    There are two vacancies at the GCCRC for bioinformaticians or computational biologists. The selected candidates will lead bioinformatics efforts in order to perform genome assembly and comparison of genome features including: (1) genome structure and overall genome statistics, repeats, genome rearrangement at both DNA and gene level, synteny, and breakpoints; (2) coding regions including gene content, protein content, orthologs, and paralogs; and (3) noncoding regions including the prediction of regulatory elements of different plants species of interest. 

    The successful candidate must have a strong background in genome assembly and comparative genomics. Candidates who are curious and willing to learn will have numerous opportunities to do so. 

    Basic Qualifications

    • Master’s degree or higher in bioinformatics, computer science, genomics, or a related field, with at least 2 years hands-on experience with bioinformatics methods;
    • Fluency with Linux shell scripting and high performance computing;
    • Fluency in programming languages commonly used in bioinformatics (such as Python or R);
    • Expertise in genome assembly;
    • English proficiency. 

    For application, send the Curriculum vitae, Couver Letter, letter of recommendation and two contacts for reference.