Bolsa de PD em Bioinformática / Biologia de Sistemas Aplicada a Análise Transcriptômica

Post-doctoral Fellowship in Bioinformatics and Systems Biology Applied to Transcriptomics Analysis

Nº: 3024

Área de conhecimento: Biologia Geral

Field of knowledge: General biology

Nº do processo FAPESP: 2013/08216-2

FAPESP process: 2013/08216-2

Título do projeto: Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias – CRID

Project title: Center for Research in Inflammatory Diseases – CRID

Área de atuação: Bioinformática e Sistemas Biologia das Doenças Inflamatórias

Working area: Bioinformatics and Systems Biology of Inflammatory Diseases

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Pesquisador principal: Helder Takashi Imoto Nakaya

Principal investigator: Helder Takashi Imoto Nakaya

Unidade/Instituição: FCF-USP

Unit/Instituition: FCF-USP

Data limite para inscrições: 15/09/2019

Deadline for submissions: 2019-09-15

Publicado em: 19/07/2019

Publishing date: 2019-07-19

Localização: Av. Prof. Lúcio Martins Rodrigues, 370, bloco C, 4º andar, São Paulo

Locale: Av. Prof. Lúcio Martins Rodrigues, 370, bloco C, 4º andar, São Paulo

E-mail para inscrições: hnakaya@usp.br

E-mail for proposal submission: hnakaya@usp.br

  • Resumo Summary

    Uma vaga de pós-doutrorado em bioinformática / biologia de sistemas com foco em análise transcriptômica está disponível no Centro de Pesquisa em Doenças Inflamatórias – CRID (http://crid.fmrp.usp.br), um dos Centros de Pesquisa, Inovação e Difusão apoiados pela FAPESP, com sede na Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo em Ribeirão Preto, São Paulo. O candidato bem-sucedido se juntará ao Laboratório de Biologia de Sistemas Computacional (CSBL), formado por um grupo dinâmico e interdisciplinar de pesquisadores que inclui imunologistas, clínicos e bioinformáticos. Suas atividades serão supervisionadas pelo Prof. Helder Nakaya (http://csbiology.com/team-view/helder-nakaya/). 

    Responsabilidades

    O candidato aprovado trabalhará nas dependências do CSBL, localizadas no prédio da Agência Inova da USP em São Paulo. Espera-se que o bolsista desempenhe papel de liderança na análise de dados, que inclui a integração de dados ômicos e o desenvolvimento de modelos preditivos e hipóteses testáveis.

    As responsabilidades específicas incluem:

    - Desenvolvimento de protocolos de análise para conjuntos de dados internos e públicos de expressões gênicas;
    - Desenvolvimento ou adaptação de ferramentas e scripts de software para atender às necessidades do projeto;
    - Liderar a análise ou gerenciar os analistas através de protocolos desenvolvidos;
    - Ser líder de equipe e confiante em colaborar com uma equipe multidisciplinar para gerenciar um grupo de pesquisa de bioinformática.

    Além disso, o candidato aprovado liderará os esforços no gerenciamento de dados e na manutenção de uma infraestrutura bioinformática. O trabalho envolverá a construção e manutenção de bancos de dados; a implantação de ferramentas de hardware e software; o gerenciamento e o desenvolvimento de protocolos de análise; a coordenação de materiais e recursos de projetos; e a colaboração com membros de equipes multidisciplinares. 

    Requisitos

    • O candidato deverá ter um doutorado em bioinformática, ou em uma disciplina biológica relevante ou em ciência da computação, além de experiência comprovada em pesquisa de bioinformática. Experiência prévia demonstrada em análise transcriptômica é necessária. A familiaridade com o trabalho em um ambiente Linux/Unix, além de experiência com bancos de dados relacionais e fluência em linguagens de programação R ou Python, é necessária;
    • Espera-se que os candidatos tenham familiaridade com ferramentas bioinformáticas e bancos de dados de código aberto/comercial, especialmente para análise de rotas e redes. Além disso, os candidatos devem ter a capacidade de trabalhar de forma independente;
    • Excelente atenção aos detalhes e habilidades organizacionais. O candidato deve ter a capacidade de trabalhar em um ambiente de equipe interdisciplinar em rápida movimentação, bem como a capacidade de discutir questões e fornecer soluções para cientistas com diferentes origens. Excelentes habilidades de comunicação verbal e escrita;
    • Novidade em pesquisa, liderança em gerenciamento de projetos e experiência em biologia molecular de laboratório são altamente desejáveis. Forte histórico quantitativo ou estatístico, experiência em aprendizado de máquina e modelagem preditiva será um diferencial.

    Por favor, envie seu currículo com informações de contato, uma carta de motivação e pelo menos 2 cartas de recomendação ao Prof. Helder Takashi Imoto Nakaya, e-mail: hnakaya@usp.br.

    A vaga está aberta a brasileiros e estrangeiros. O selecionado receberá Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP no valor de R$ 7.373,10 mensais e Reserva Técnica equivalente a 15% do valor anual da bolsa para atender a despesas imprevistas e diretamente relacionadas à atividade de pesquisa.

    One post-doctoral position in bioinformatics/systems biology with a focus on Transcriptomics analysis is available at the Center for Research in Inflammatory Diseases – CRID (http://crid.fmrp.usp.br/?l=en_US), one of the Research, Innovation and Dissemination Centers (RIDCs) supported by the São Paulo Research Foundation (FAPESP), headquartered in the University of São Paulo’s Ribeirão Preto Medicine School (FMRP-USP) in Ribeirão Preto city, Brazil. The successful applicant will join the Computational Systems Biology Laboratory (CSBL), which is comprised of a dynamic, interdisciplinary group of researchers including immunologists, clinicians, and bioinformaticians. His/her activities will be supervised by Professor Helder Nakaya (http://csbiology.com/team-view/helder-nakaya/). 

    Responsabilities

    The successful candidate will work in USP’s main campus in São Paulo city, where the lab is located. The fellowship holder must play a leading role in data analysis, including the integration of omics data and developing predictive models and testable hypotheses.

    The specific responsibilities include:

    - Development of analysis protocols for in-house, and public gene-expression datasets;
    - Development or adaptation of software tools and scripts to meet project needs;
    - Leading the analysis, or managing the analysts through developed protocols;
    - Being a team leader, and confident in collaborating with a multi-disciplinary team to manage a bioinformatics research group.

    In addition, the successful applicants will lead efforts in data management and bioinformatic infrastructure maintenance. The job duty will involve database construction and maintenance; deployment of hardware and software tools; management and development of analysis protocols; coordination of project materials and resources; and collaboration with multi-disciplinary team members. 

    Requirements

    • The qualified applicant will have a Ph.D. in bioinformatics, or in a relevant biological discipline or in computer science, plus demonstrated experience in bioinformatics research. Previous demonstrated experience in transcriptomic analysis is required. Familiarity with working in a Linux / Unix environment, plus experience with relational databases and fluency in R or Python programming languages are required;
    • Candidates are expected to have familiarity of open-source / commercial bioinformatic tools and databases, especially for pathway and network analyses. Also, applicants must have the ability to work independently;
    • Excellent attention to details and organizational skills. Applicant must have the ability to work in a fast-moving interdisciplinary team environment, as well as the ability to discuss issues and provide solutions to scientists with different backgrounds. Excellent verbal and written communication skills;
    • Research novelty, leadership in project management and experience in wet lab molecular biology are highly desirable. Strong quantitative or statistical background, experience in machine learning and predictive modeling will be a plus.

    Please submit your resume (CV) with contact information, a motivation letter and at least 2 letters of recommendation to Prof. Helder Takashi Imoto Nakaya, e-mail hnakaya@usp.br.

    This opportunity is open to candidates of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP’s Post-Doctoral fellowship in the amount of R$ 7,373.10 monthly and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.