Bolsa de TT-V em Bioinformática

Level 5-Technical Training Fellowship in Bioinformatics

Nº: 2156

Área de conhecimento: Ciência da Computação

Field of knowledge: Computer science

Nº do processo FAPESP: 2014/18002-2

FAPESP process: 2014/18002-2

Título do projeto: Bioinformática para filogenômica

Project title: Bioinformatics for phylogenomics

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatics

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Início: 01/08/2018

Start: 2018-08-01

Pesquisador principal: Pedro Dias

Principal investigator: Pedro Dias

Unidade/Instituição: USP

Unit/Instituition: USP

Data limite para inscrições: 30/06/2018

Deadline for submissions: 2018-06-30

Publicado em: 04/06/2018

Publishing date: 2018-06-04

Localização: Rua Arlindo Bettio, 1000, São Paulo e Piracicaba

Locale: Rua Arlindo Bettio, 1000, São Paulo e Piracicaba

E-mail para inscrições: pdias@usp.br

E-mail for proposal submission: pdias@usp.br

  • Resumo Summary

    As atividades previstas para esta bolsa de treinamento técnico (nível TT-5), 40 h, consistem no uso, aperfeiçoamento e eventual criação de ferramentas de bioinformática para os dados genômicos a serem usados no projeto, sejam provenientes de bancos de dados públicos ou gerados no próprio Projeto Temático -- incluindo (mas não limitando-se a): 1) Manutenção de espelho local do GenBank para dados nucleotídicos e proteicos de plantas; 2) Montagem e anotação de genomas de referência; 3) Criação e curadoria de bancos de dados genômicos, transcriptômicos e proteômicos. As atividades serão realizadas na Universidade de São Paulo, nos campi da Capital e de Piracicaba, SP, Brasil.

    2. Requisitos

    2.1. Graduado, especialista em TI com pelo menos cinco anos de experiência após a graduação ou título de doutorado;
    2.2. Experiência em Linux e shell;
    2.3. Programação em Perl, Python e R (no mínimo em duas das três linguagens);
    2.4. Disponibilidade para iniciar as atividades tão logo a FAPESP aprove a seleção. 

    * É vetada a inscrição de candidatos aposentados

    3. Critérios para seleção

    3.1. Inglês intermediário;
    3.2. Experiência prévia com análise de dados genômicos (e.g., MinKNOW, R_poRe, Metrichor, Canu, FastQC, IGV, SPAdes).

    Omissões neste edital serão resolvidas pelos pesquisadores principais do projeto temático, levando em conta as regras da FAPESP (http://www.fapesp.br/bolsas/tt e http://www.fapesp.br/3098). 

    4. Mais informações 

    Por favor, contacte Pedro Dias (pdias@usp.br) ou José R. Pirani (pirani@usp.br

    5. A ser encaminhado para se candidatar 

    5.1. Carta de intenção, com apresentação pessoal de no máximo 500 palavras, com as razões que motivaram a inscrição;
    5.2. Curriculum vitae (Lattes para candidatos brasileiros);
    5.3. Cópia do título de doutor ou declaração com a data em que a tese será defendida (até o prazo final de inscrição) ou do maior título obtido e comprovante de experiência minima exigida (item 2.1.);
    5.4. Nome e e-mail de duas referências pessoais que possam emitir juízo sobre o candidato. 

    Por favor, envie a documentação (para inscrição) por e-mail (em formato PDF) marcada com “FAPESP 2014/18002-2 – TT5-1” no campo assunto para pdias@usp.br e pirani@usp.br até o dia 30 de junho de 2018. A análise da documentação e a seleção serão realizadas no dia 1 de julho de 2018, mas é possível que a data limite seja estendida até que a vaga seja preenchida. A divulgação dos resultados só poderá ser feita após a aprovaçao da FAPESP.

    The scholarship holder (level TT-5), 40 h, will be responsible for using, improving, and eventually creating computer tools to handle genomic data from both public and lab-generated databases, including, but not limited to: 1) Creating and maintaining a local GenBank mirror for plant nucleotide and protein data; 2) Assembling and annotating reference genomes; 3) Creating and curating genomic, transcriptomic and proteomic databases. The activities will be conducted at São Paulo and Piracicaba campi of the University of São Paulo.

    2. Qualifications

    To be qualified for the position the applicant should have:

    2.1. Graduate studies, be specialist on IT and at least five year of experience after graduating or PhD degree;
    2.2. Experience with Linux and shell;
    2.3. Programming skills in Perl, Python, and R (at least two of these languages);
    2.4. Availability to initiate working on the project as soon as FAPESP finishes documentation checking and approves the application.

    * Retired candidates are not allowed.

    3. Criteria for selection

    3.1. Intermediate English skills;
    3.2. Experience with handling genomic data (e.g., MinKNOW, R_poRe, Metrichor, Canu, FastQC, IGV, SPAdes).

    Omissions in this announcement will be decided by the PIs of the FAPESP grant, safeguarding the rules established by FAPESP.

    4. More information

    Please contact Pedro Dias (pdias@usp.br) or José R. Pirani (pirani@usp.br).

    5. To be included in the application (pdf format only)

    5.1. Letter of intent, personal presentation and your reasons for applying (maximum of 500 words);
    5.2. Curriculum vitae;
    5.3. Copy of highest academic degree (e.g, PhD degree certificate or date of scheduled defense (until June 30, 2018) or certificates of minimum qualification (see item 2.1. above);
    5.4. Name and e-mail address of two persons who may act as references.

    Please send your application, with “FAPESP 2014/18002-2 – TT5-1” in the subject field, to both pdias@usp.br and pirani@usp.br no later than June 30, 2018. Applications will be reviewed on July 1, 2018, but will also be considered after this date until the position is filled. Results will be announced after FAPESP's approval only.