Bolsa de PD em Microbiologia e Bioinformática

Post-doctoral Fellowship in Microbiology and Bioinformatics

Nº: 2233

Área de conhecimento: Microbiologia

Field of knowledge: Microbiology

Nº do processo FAPESP: 2016/14227-5

FAPESP process: 2016/14227-5

Título do projeto: Biogeografia de comunidades microbianas em lagoas salino-alcalinas do pantanal brasileiro

Project title: Biogeography of microbial communities in saline-alkaline lakes of the Brazilian Pantanal

Área de atuação: Microbiologia Molecular Ambiental e Bioinformática

Working area: Environmental Molecular Microbiology and Bioinformatics

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Início: 01/12/2018

Start: 2018-12-01

Pesquisador principal: Marli de Fátima Fiore

Principal investigator: Marli de Fátima Fiore

Unidade/Instituição: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (Cena)/Universidade de São Paulo (USP)

Unit/Instituition: Centro de Energia Nuclear na Agricultura (Cena)/Universidade de São Paulo (USP)

Data limite para inscrições: 30/09/2018

Deadline for submissions: 2018-09-30

Publicado em: 16/07/2018

Publishing date: 2018-07-16

Localização: Avenida Centenário 303, Piracicaba

Locale: Avenida Centenário 303, Piracicaba

E-mail para inscrições: fiore@cena.usp.br

E-mail for proposal submission: fiore@cena.usp.br

  • Resumo Summary

    Uma vaga de pós-doutorado está disponível no Centro de Energia Nuclear na Agricultura (CENA) da Universidade de São Paulo (USP) para o Projeto Temático “Climatic changes and environmental impacts in wetlands of Pantanal region (Brazil): Quantification, control factors and long term temporal modeling”, coordenado pelo professor Adolpho José Melfi, do Instituto de Energia e Ambiente (IEE/USP). O prazo de inscrição vai até 30 de setembro de 2018.

    Supervisionado pela professora Marli de Fátima Fiore, o projeto visa estudar a biogeografia de comunidades microbianas em águas e solos de lagoas salino-alcalinas do Pantanal brasileiro e os processos microbianos que influenciam na formação dessas lagoas. A partir do sequenciamento de DNA de amostras ambientais serão investigados os grupos taxonômicos microbianos e vias metabólicas por meio de modelagem in silico e integração funcional de dados ômicos.

    Os candidatos devem ter experiência prévia em microbiologia, genética bacteriana e bioinformática, incluindo técnicas microbiológicas básicas, análises independentes de cultivo de comunidades microbianas, métodos de sequenciamento de DNA em plataformas de alto rendimento e análises de expressão e função de genes bacterianos e/ou metabólitos secundários microbianos.

    Além disso, é necessário o conhecimento de softwares para montagem de genomas, bem como habilidades no uso de plataformas para análises em larga escala (MG-RAST, QIIME, IMG/M, entre outros). Candidatos potenciais devem ter habilidades de programação para análises estatísticas e modelagem, empregando linguagens de script, como Python ou Perl, entre outras; e a linguagem estatística R. A familiaridade com sistemas operacionais baseados em UNIX é desejável.

    A experiência internacional é altamente desejável, evidenciada por pelo menos 6 meses no exterior. O beneficiário estará envolvido em todas as etapas da aquisição de dados microbiológicos, incluindo a participação em expedições de campo. A integração do pós-doc com outros pesquisadores envolvidos no projeto é desejável.

    Os candidatos deverão enviar e-mail para fiore@cena.usp.br com a seguinte documentação anexada:

    1) carta de motivação;
    2) duas cartas de referência;
    3) curriculum com artigos publicados evidenciando as habilidades para conduzir o projeto;
    4) resumo da tese de doutorado.

    A seleção será feita primeiramente com base nos currículos dos candidatos, seguido de entrevista pessoal (máximo de 5 candidatos selecionados para essa fase), onde as habilidades nos temas serão verificadas e também outros pontos em comuns serão discutidos.

    Resultado da Seleção: 20 de outubro de 2018

    Data de início: 1º de dezembro de 2018 (duração de 2 anos, com possibilidade de prorrogação por mais 1 ano).

    Mais informações sobre bolsas de pós-doutorado da FAPESP no link: http://www.fapesp.br/270.

    This proposal aims to use a combination of high-throughput sequencing of DNA from environmental samples, together with data from culture-based approaches – genomics and physiology, to gather information on biogeography of microbial communities and their functioning in waters and soils from Brazilian Pantanal. This research will constitute an effort to correlate microorganisms from distinct water and soil, microbial taxonomical groups and microbially mediated processes.

    Desirable Skills

    Candidates should have prior experience with microbiology, bacterial genetics and bioinformatics, including basic microbiological techniques, high-throughput methods for DNA sequencing and analyses of bacterial gene expression and function, and/or microbial secondary metabolites. Knowledge of softwares for genome assembly is required, as well as abilities in the use of platforms for large-scale analyses (MG-RAST, QIIME, IMG/M, among others). Potential candidates should have programming skills for statistical analyses and modelling, employing scripting languages, like Python or Perl, among others; and the statistical language R. Familiarity with UNIX-based operative systems is desirable. International experience is highly desirable, as evidenced by at least 6-month abroad Brazil. The grantee will be involved in all stages of microbiological data acquisition including participation in field expeditions. The integration of the postdoc with other researchers involved in the project is desirable.

    How to Apply: Applications will be made exclusively by e-mail, with the documentation attached. Applications should be directed to Prof. Marli de Fátima Fiore (fiore@cena.usp.br),  until September 30th 2018. For application, please attach to the e-mail:

    1) Motivation Letter;
    2) Two reference letters;
    3) Curriculum with published articles and evidencing the abilities to conduce the project;
    4) Abstract of the PhD thesis.

    Selection

    The selection will be made primarily based on the curriculum of the candidates, and further by the personal interviewing process (maximum of 5 candidates selected for this stage), where the abilities in the issues will be verified and also other commonalities will be discussed.

    Result of Selection

    October 20th, 2018

    Starting Date

    December 1st 2018 (duration of 2 years, with possible extension for 1 additional year)

    More information about the grant can be obtained at website http://www.fapesp.br/en/5427.

    This opportunity is open to candidates of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP’s Post-Doctoral fellowship in the amount of BRL 7.373,10 monthly and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.