Bolsa de PD em AnáliseTemporal da Expressão Gênica

Post-doctoral Fellowship on Temporal Analysis of Gene Expression

Nº: 3154

Área de conhecimento: Ciência da Computação

Field of knowledge: Computer science

Nº do processo FAPESP: 2015/22308-2

FAPESP process: 2015/22308-2

Título do projeto: Análise temporal da expressão gênica

Project title: Temporal Analysis of Gene Expression 

Área de atuação: Biologia de Sistemas

Working area: Systems Biology

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Início: 01/12/2019

Start: 2019-12-01

Pesquisador principal: Roberto Marcondes Cesar Junior

Principal investigator: Roberto Marcondes Cesar Junior

Unidade/Instituição: Universidade de São Paulo-USP

Unit/Instituition: Universidade de São Paulo-USP

Data limite para inscrições: 01/10/2019

Deadline for submissions: 2019-10-01

Publicado em: 05/09/2019

Publishing date: 2019-09-05

Localização: Rua do Matão, 1010, Bloco A, São Paulo

Locale: Rua do Matão, 1010, Bloco A, São Paulo

E-mail para inscrições: thematic.data.science.usp@gmail.com

E-mail for proposal submission: thematic.data.science.usp@gmail.com

  • Resumo Summary

    Área de conhecimento: Ciência da computação/ biologia de sistemas.

    Título do projeto: Análise temporal da expressão gênica.

    Área específica: Biologia de Sistemas.

    Início de trabalho: dezembro 2019.

    Supervisores: Carlos Alberto Moreira filho e Roberto M. Cesar Jr.

    Instituição: Universidade de São Paulo-USP.

    Endereço: rua do Matão, 1010, Cidade Universitária, São Paulo, Brasil.

    Prazo para candidatura: 1 de outubro de 2019. 

    Inscrição e-mail: thematic.data.science.usp@gmail.com

    Descrição do projeto

    O Laboratório de Genômica Pediátrica do departamento de Pediatria da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP) oferece uma posição de pós-doutorado para cientistas interessados na análise temporal da expressão gênica.

    O foco do projeto é na análise de séries temporais de expressão gênica para melhor compreender as propriedades dinâmicas dos sistemas biológicos, particularmente nos processos de transição saúde-doença. Especificamente, o bolsista participará de dois projetos:

    i) Desenvolvimento de modelos matemático-computacionais para a investigação das alterações da expressão gênica no hipocampo de ratos submetidos a insulto hipertérmico (modelo animal de epilepsia induzida por insulto febril);

    ii) Estudo temporal das alterações da expressão gênica em enterócitos humanos durante a interação in vitro com bactérias enteropatogênicas. 

    Sobre a instituição

    A Universidade de São Paulo é a universidade brasileira melhor classificada internacionalmente da América Latina, sendo considerada uma das mais prestigiadas instituições educacionais do país. O grupo da USP trabalha nas áreas de biologia de sistemas e aprendizado de máquina há mais de 20 anos com forte colaboração internacional. 

    A vaga está aberta a brasileiros e estrangeiros. O selecionado receberá Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP no valor de R$ 7.373,10 mensais e Reserva Técnica equivalente a 15% do valor anual da bolsa para atender a despesas imprevistas e diretamente relacionadas à atividade de pesquisa.

    Mais informações estão disponíveis em http://www.fapesp.br/270. O auxílio inclui também verba para despesas de mudança para São Paulo/Brasil (incluindo passagens aéreas).

    Habilidades necessárias

    Doutorado (qualquer área) com background em modelagem matemática e programação para análise em fenômenos de biologia e medicina. Essa experiência prévia deve ser demonstrada nas publicações dos candidatos. 

    Espera-se excelente habilidade oral e escrita em inglês para a comunicação científica e colaboração. 

    Detalhes da inscrição

    Por favor, envie os seguintes documentos para o e-mail: thematic.data.science.usp@gmail.com

    Assunto: candidatura à bolsa de pós-doutorado sobre análise temporal de expressão gênica

    - CV

    - Link para ORCID, Google Scholar, ou Researcherid

    - Síntese da tese de doutorado e outras publicações relevantes

    - Duas cartas de recomendação de antigos supervisores ou colaboradores. 

    Open Job Position - Post-Doctoral Scholarship on Temporal Analysis of Gene Expression - USP - São Paulo - Brazil

    Knowledge area: Computer Science/Systems Biology

    Project Title: Temporal Analysis of Gene Expression 

    Specific area : Systems Biology

    Job start: December 2019

    Supervisors: Carlos Alberto Moreira Filho and Roberto M. Cesar Jr.

    Institution: University of São Paulo-USP

    Address: Rua do Matão, 1010, Cidade Universitária, São Paulo, Brasil.

    Deadline for application: October 1st 2019

    Inscription e-mail: thematic.data.science.usp@gmail.com

    Subject: Application to Post-Doctoral Scholarship on Temporal Analysis of Gene Expression 

    Description of the project 

    The Laboratory of Pediatric Genomics, Pediatrics Department, Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (FMUSP), offers a postdoctoral position for scientists interested in temporal analysis of gene expression.

    The project focus on the analysis of time-series gene expression data in order to get a better understanding of biological systems dynamics focusing the health-disease transition processes.The postdoctoral fellow will specifically work in two projects:

    i) Development of mathematical and computational models for investigating hippocampal gene expression alterations in rats submitted to hyperthermic insult (an animal model for epilepsy induced by febrile insult);

    ii) Temporal study of gene expression alterations in human enterocytes during in vitro interaction with enteropathogenic bacteria. The PD researcher will be responsible to propose and implement models for intermediate network representations from raw data. The research will take into account various data sources, inconsistencies and uncertainties in them. The proposed approach will combine different techniques for analysis and modelling (combinatorics, optimisation, statistical methods) and different sources of experimental data (genomics, transcriptomics, proteomics, metabolomics) to deal with the inaccuracies. Of particular interest is how to incorporate machine learning methods to this approach.

    About the institution

    The University of São Paulo is the best ranked University in Latin America, being considered one of country's more prestigious educational institutions. The Data Science Group at IME-USP is a traditional machine learning research working on the field for more than 20 years with strong international collaboration. 

    This opportunity is open to candidates of any nationalities. The selected candidate will receive a São Paulo REsearch Foundation-FAPESP’s Post-Doctoral fellowship in the amount of BRL 7.373,10 monthly and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity. 

    More information is available at  http://www.fapesp.br/en/5427.The grant may also cover expenses for moving to São Paulo/Brasil (including flight tickets). 

    Required Skills

    PhD degree (any field) with background in mathematical modelling and programming for analysis in biology and medicine phenomena. Such a previous experience should be demonstrated in the candidate publications. 

    Excellent oral and written communication skills in English for scientific communication and collaboration. 

    Application details

    Please send the following documents to: 

    Inscription e-mail: thematic.data.science.usp@gmail.com

    Subject: Application to Post-Doctoral Scholarship on Temporal Analysis of Gene Expression

    - CV

    - Link to ORCID, Google Scholar, or ResearcherID

    - Summary of doctoral thesis and other relevant works

    - Two recommendation letters from former supervisors or collaborators.