Bolsa de PD em Genômica Populacional de Plantas

Post-doctoral Fellowship in Plant Population Genomics

• Resumo Summary

  O gênero Pilocarpus Vahl possui 17 espécies e sua distribuição é restrita à região neotropical. Economicamente, o gênero destaca-se por ser a única fonte natural do alcalóide pilocarpina, bastante utilizado pela indústria farmacêutica para o tratamento de glaucoma. Neste projeto serão estudadas as quatro espécies exploradas comercialmente e que também são estreitamente relacionadas: P. alatus, P. jaborandi, P. microphyllus and P. trachylophus. Este projeto fará uso das recentes tecnologias de sequenciamento desenvolvidas pela Oxford Nanopore e, potencialmente, pela Illumina.

  Atividades

  A bolsa faz parte de projeto de pesquisa financiado pela FAPESP (2014/18002-2), o qual possui como instituição-sede a Universidade de São Paulo, sobre a filogenia e a diversificação das Sapindales na região neotropical. As atividades a serem desenvolvidas incluem a manipulação de DNA (incluindo preparação e otimização de bibliotecas), o uso de programas para análise de qualidade das sequências, pipelines e scripts desenvolvidos por usuários (tanto em R como em Perl) e análises genômicas populacionais. O bolsista também ajudará em atividades na graduação, no auxílio a alunos de pós-graduação, na escrita de manuscritos e propostas para financiamento por agências de fomento. As atividades serão realizadas na Universidade de São Paulo, nos campi da Capital e de Piracicaba, SP, Brasil.

  Requisitos

  Para concorrer à vaga, o candidato precisa ter:

  a.Título de doutor em Genômica/Genética/Bioinformática/Biologia Evolutiva/Sistemática ou áreas correlatas. O título não pode ter sido obtido há mais de dois anos da data limite para inscrição;
  b. Registro de publicações relevantes para os objetivos do projeto temático;
  c. Autonomia em técnicas de biologia molecular usando diferentes tipos de marcadores;
  d. Inglês fluente (fala e escrita) e disponibilidade para viajar para fora do país e desenvolver atividades em laboratório parceiros;
  e. Experiência com a preparação de bibliotecas para o sequenciador MinION (Oxford Nanopore); manuseio de dados genômicos (treinamento prévio em montagem e anotação de genomas será considerado diferencial) e software (e.g., CANU, FastQC, IGV, SPAdes, STACKS); uso de scripts desenvolvidos por usuários (habilidades básicas de programação em, e.g., Perl, Python or R será um diferencial). Comandos básicos de shell é obrigatório;
  f. Experiência com atividade de campo;
  g. Disponibilidade para iniciar as atividades tão logo a FAPESP aprove a seleção.

  * É vetada a inscrição de candidatos aposentados

  Critérios para seleção

  Dentre os candidatos com inscrição aprovada, a seleção será feita de acordo com o mérito científico dos candidatos, a qualidade da tese de doutorado, habilidades pessoais, a intimidade do candidato com áreas de interesse para o projeto, habilidade de falar e escrever em inglês, habilidade analítica, criatividade, iniciativa, independência, trabalho em grupo e disposição para colaborações dentro de sua área de titulação e também em áreas correlatas (item imprescindível). Conhecimento de teorias e métodos relevantes (sequenciamento de nova geração, montagem de genoma e análises filo/biogeográficas serão considerados fortes diferenciais). Candidatos sem experiência de atividade de coleta de material botânico em campo e comando básicos de linha de comando em shell não serão habilitados a concorrer à bolsa.

  Omissões neste edital serão resolvidas pelos pesquisadores principais do projeto temático, levando em conta as regras da FAPESP (http://www.fapesp.br/bolsas/pd).

  Mais informações

  Por favor, contacte Pedro Dias (pdias@usp.br) ou José R. Pirani (pirani@usp.br)

  A ser encaminhado para se candidatar (somente pdf)

  a. Carta de intenção, com apresentação pessoal, de no máximo 500 palavras, com as razões que motivaram a inscrição;
  b. Curriculum vitae (Lattes para candidatos brasileiros) com lista de publicações (por favor, incluir os DOI);
  c. DOI ou cópia de três publicações selecionadas;
  d. Cópia da tese de doutorado (ou link para a mesma);
  e. Cópia do título de doutor ou declaração com a data em que a tese será defendida (até o prazo final de incrição);
  f. Nome e e-mail de duas referências pessoais que possam emitir juízo sobre o candidato.

  Por favor, envie a documentação (para inscrição) por e-mail (em formato PDF) marcada com “FAPESP 2014/18002-2 – PD5” no campo assunto para pdias@usp.br e pirani@usp.br até o dia 10 de junho de 2018. A divulgação dos resultados só poderá ser feita após a aprovação da FAPESP.

  The genus Pilocarpus Vahl has 17 species and its distribution is restricted to the Neotropics. Economically, it is noteworthy by being the only natural source of the alkaloid pilocarpine, which is the key element commercialised by the pharmaceutical industry for glaucoma treatment. This project will focus on the four closely related, commercially exploited, and pilocarpine-producing species: P. alatus, P. jaborandi, P. microphyllus and P. trachylophus. This project will use Oxford Nanopore and Illumina sequencing technologies.

  Tasks

  The position is part of a research project, supported by FAPESP (2014/18002-2) at University of São Paulo, on the phylogeny and diversification of Sapindales in the Neotropical region. The work includes DNA labwork (including library preparation and optimization), use of standard software for quality control, pipelines and user-developed scripts (in both R and Perl), and population genomic analyses. The fellow will also help with lectures and supervision of student projects, article- and grant writing. The labwork will be conducted at São Paulo and Piracicaba campi of the University of São Paulo.

  Qualifications

  To be qualified for the postdoctoral position the applicant should have:

  a. PhD degree in Genomics/ Genetics/ Bioiformatics/ Phylogenetics/ Evolutionary Biology or similar direction of studies. The PhD degree should have been received no more than two years before the deadline for applications;
  b. Publication record in disciplines relevant to the thematic grant's objectives;
  c. Strong experience with molecular biology techniques and DNA markers used in plant population genetics;
  d. Fluent English and availability to spend sometime abroad (partner labs);
  e. Experience with Oxford Nanopore library preparation; handling genomic data (previous training in genome assembly and annotation will be a plus) and software (e.g., CANU, FastQC, IGV, SPAdes, STACKS); using user-developed scripts (basic programing skills in, e.g., Perl, Python or R will be a plus), and basic shell commands (mandatory);
  f. Experience with botanical fieldwork;
  g. Availability to initiate working on the project as soon as FAPESP finishes documentation checking and approves the application.

  * Retired candidates are not allowed.

  Criteria for selection

  Among qualified applicants, selection will be made according to scientific merits, quality of the PhD dissertation, personal skills, the applicant's documented knowledge in subjects of relevance for the research area, ability to master English language (both spoken and written), analytical ability, creativity, initiative, independence, teamwork, and will to collaborate. Previous knowledge of relevant theory and methods (next-generation sequencing, genome assembly, and phylo/biogeographic analyses) weigh heavily. Experience with botanical fieldwork and shell commands are considered mandatory. Omissions in this announcement will be decided by the PIs of the FAPESP grant, safeguarding the rules established by FAPESP (http://www.fapesp.br/en/5427).

  More information

  Please contact Pedro Dias (pdias@usp.br) or José R. Pirani (pirani@usp.br)

  To be included in the application (pdf format only)

  a. Letter of intent, personal presentation and your reasons for applying (maximum of 500 words);
  b. Curriculum vitae with publication list (please include DOI);
  c. DOI or pdf copy of three selected publications;
  d. Copy of PhD dissertation (or link to the file);
  e. PhD degree certificate or date of scheduled defense (until May 10, 2018);
  f. Name and e-mail address of two persons who may act as references

  Please send your application, with “FAPESP 2014/18002-2 – PD5” in the subject field, to both pdias@usp.br and pirani@usp.br no later than June 10, 2018. Results will be announced after FAPESP's approval only.