Bolsa de PD em Filogenômica e Evolução

Post-doctoral Fellowship in Phylogenomics and Evolution

• Resumo Summary

  As relações filogenéticas dentro das Sapindaceae ainda são pouco conhecidas (dependendo do marcador molecular usado, podem surgir topologias diferentes). Dessa forma, análises genômicas provavelmente representam uma ferramenta apropriada para: 1) Dirimir as relações no nível genérico; 2) Estabelecer circunscrições em nível de gênero e (se apropriado) de tribo para a família; e 3) Entender a evolução de características-chaves dentro do grupo. Considerando que neste projeto será feita uma amostragem mundial, será possível entender os próprios padrões biogeográficos da família como um todo. Neste projeto será feito uso das tecnologias de sequenciamento da Oxford Nanopore e Illumina, assim como a montagem de-novo (no nível genérico) e o mapeamento (no nível de espécie dentro de cada gênero).

  1. Atividades

  A bolsa faz parte de um projeto de pesquisa financiado pela FAPESP (2014/18002-2), o qual possui como instituição-sede a Universidade de São Paulo, sobre a filogenia e a diversificação das Sapindales na região neotropical. As atividades a serem desenvolvidas incluem a manipulação de DNA (incluindo preparação e otimização de bibliotecas), o uso de programas para análise de qualidade das sequências, pipelines e scripts desenvolvidos por usuários (tanto em R como em Perl), análises filogenéticas e manipulação de árvores. O bolsista também ajudará com a orientação de alunos (especialmente pós-graduação) e na escrita de manuscritos e propostas para financiamento por agências de fomento. As atividades serão realizadas na Universidade de São Paulo, nos campi da Capital e de Piracicaba, SP, Brasil.

  2. Requisitos

  Para concorrer à vaga, o candidato precisa:

  2.1. Ter título de doutor em Sistemática/Filogenética/Biologia evolutiva ou áreas correlatas. O título não pode ter sido obtido há mais de dois anos da data limite para inscrição;
  2.2. Ter publicação com sistemática vegetal e filogenética (se em Sapindales, será um diferencial);
  2.3. Inglês fluente (fala e escrita) e disponibilidade para viajar para fora do país;
  2.4. Experiência com a preparação de bibliotecas para NGS; manuseio de dados genômicos (treinamento prévio em montagem e anotação de genomas será considerado diferencial) e software (e.g., MinKNOW, R_poRe, Metrichor, Canu, FastQC, IGV, SPAdes); programas de análise filogenética (tais como Mesquite, PAUP*, RAxML), e NEXUS padrão e estendido; uso de scripts desenvolvidos por usuários (habilidades básicas de programação em, e.g., Perl, Python or R será um diferencial) e comandos básicos de shell. Linux é obrigatório.
  2.5. Disponibilidade para iniciar as atividades tão logo a FAPESP aprove a seleção.

  * É vetada a inscrição de candidatos aposentados

  3. Critérios para seleção

  Dentre os candidatos com inscrição aprovada, a seleção será feita de acordo com o mérito científico dos candidatos, a qualidade da tese de doutorado, habilidades pessoais, a intimidade do candidato com áreas de interesse para o projeto, habilidade de falar e escrever em inglês, habilidade analítica, criatividade, iniciativa, independência, trabalho em grupo e disposição para colaborações dentro de sua área de titulação e também em áreas correlatas (item imprescindível). Experiência prévia com Sapindales e conhecimento de teorias e métodos relevantes (sequenciamento de nova geração, montagem de genoma e análises filogenéticas serão considerados fortes diferenciais).

  Candidatos sem experiência de atividade de coleta de material botânico em campo e comando básicos de linha de comando em shell não serão habilitados a concorrer à bolsa.

  Omissões neste edital serão resolvidas pelos pesquisadores principais do projeto temático, levando em conta as regras da FAPESP (http://www.fapesp.br/bolsas/pd).

  4. Mais informações

  Por favor, contacte Pedro Dias (pdias@usp.br) ou José R. Pirani (pirani@usp.br).

  5. A ser encaminhado para se candidatar

  5.1. Carta de intenção, com apresentação pessoal de, no máximo, 500 palavras, com as razões que motivaram a inscrição;
  5.2. Curriculum vitae (Lattes para candidatos brasileiros) com lista de publicações (por favor, incluir os DOI);
  5.3. DOI ou cópia de três publicações selecionadas;
  5.4. Cópia da tese de doutorado (ou link para a mesma);
  5.5. Cópia do título de doutor ou declaração com a data em que a tese será defendida (até o prazo final de incrição);
  5.6. Nome e e-mail de duas referências pessoais que possam emitir juízo sobre o candidato.

  Por favor, envie a documentação (para inscrição) por e-mail (em formato PDF) marcada com “FAPESP 2014/18002-2 – PD6” no campo assunto para pdias@usp.br e pirani@usp.br até o dia 30 de junho de 2018. A análise da documentação e a seleção serão realizadas no dia 1º de julho de 2018, mas é possível que a data limite seja estendida até que a vaga seja preenchida. A divulgação dos resultados só poderá ser feita após a aprovação da FAPESP.

  Relationships within Sapindaceae are still unclear (depending on molecular markers, different phylogenetic topologies may emerge). Thus, genome-wide analyses represent a promissing approach to: 1) Understand these intricated relationships at the genus level, 2) Stablish genus- and (if appropriate) tribe-level circunscriptions for the family, and 3) Investigate the evolution of major morphological characters within the family. Based on a worldwide sampling, this project will also make possible to understand the biogeographical patterns of the family. This project will use Oxford Nanopore and Illumina sequencing technologies for both de-novo assemblies (at the genus level) and mapping to reference genomes (species-level within each genus).

  1. Tasks

  The position is part of a research project, supported by the Sao Paulo Research Foundation -- FAPESP (2014/18002-2) at University of São Paulo, on the phylogeny and diversification of the Sapindales in the Neotropical region. The work includes DNA labwork (including library preparation and optimization), use of standard software for quality control, pipelines and user-developed scripts (in both R and Perl), phylogenetic analyses and tree handling. The fellow will also help with supervision of student projects, article and grant writing. The labwork will be conducted at São Paulo and Piracicaba campi of the University of São Paulo.

  2. Qualifications

  To be qualified for the post-doctoral position the applicant should have:

  2.1. PhD degree in Systematics/Phylogenetics/Evolutionary Biology or similar direction of studies. The PhD degree should have been received no more than two years before the deadline for applications;
  2.2. Publication record in plant systematics and phylogenetics (if in Sapindales, it will be a plus);
  2.3. Fluent English and availability to spend sometime abroad;
  2.4. Experience with Illumina library preparation; handling genomic data (previous training in genome assembly and annotation will be a plus) and software (e.g., MinKNOW, R_poRe, Metrichor, Canu, FastQC, IGV, SPAdes); phylogenetic analysis softwares (e.g., Mesquite, PAUP*, RAxML), standard and extended NEXUS; using user-developed scripts (basic programing skills in, e.g., Perl, Python or R will be a plus). Basic shell commands on Linux OS is mandatory;
  2.5. Availability to initiate working on the project as soon as FAPESP finishes documentation checking and approves the application.

  * Retired candidates are not allowed.

  3. Criteria for selection

  Among qualified applicants, selection is made according to scientific merits, quality of the PhD dissertation, personal skills, the applicant's documented knowledge in subjects of relevance for the research area, ability to master English language (both spoken and written), analytical ability, creativity, initiative, independence, teamwork and ability to cooperate. Previous experience with Sapindales and knowledge of relevant theory and methods (next-generation sequencing, genome assembly, and phylogenetic analyses) weigh heavily. Experience with botanical fieldwork and shell commands are considered mandatory.

  Omissions in this announcement will be decided by the PI of the FAPESP grant, safeguarding the rules established by FAPESP (http://www.fapesp.br/en/5427).

  4. More information

  Please contact Pedro Dias (pdias@usp.br) or José R. Pirani (pirani@usp.br).

  
  5. To be included in the application

  
  5.1. Letter of intent, personal presentation and your reasons for applying (maximum of 500 words);
  5.2. Curriculum vitae with publication list (please include DOI);
  5.3. DOI or pdf copy of three selected publications;
  5.4. Copy of PhD dissertation (or link to the file);
  5.5. PhD degree certificate or date of scheduled defense (until June 30, 2018);
  5.6. Name and e-mail address of two persons who may act as references.

  Please send your application, marked with “FAPESP 2014/18002-2 – PD6 – phylogenomics and evolution” in the subject field, to both pdias@usp.br and pirani@usp.br no later than June 30, 2018. Applications will be reviewed on July 1, 2018, but will also be considered after this date until the position is filled.

  This opportunity is open to candidates of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP’s Post-Doctoral fellowship in the amount of R$ 7,174.80 monthly and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.