Bolsa de TT-V em Microbiologia

Level 5-Technical Training Fellowship in Microbiology

Nº: 2286

Área de conhecimento: Microbiologia

Field of knowledge: Microbiology

Nº do processo FAPESP: 2016/07870-9

FAPESP process: 2016/07870-9

Título do projeto: A influência de proteínas quinases ativadas por mitógenos (MAPK) na expressão de determinantes genéticos importantes para a virulência de Aspergillus fumigatus

Project title: The influence of Mitogen Activated Protein kinases (MAPK) on the expression of genetic determinants important for Aspergillus fumigatus virulence

Área de atuação: Microbiologia

Working area: Microbiology

Quantidade de vagas: 1

Number of places: 1

Início: 01/11/2018

Start: 2018-11-01

Pesquisador responsável: Gustavo H. Goldman

Principal investigator: Gustavo H. Goldman

Unidade/Instituição: Universidade de São Paulo (USP)

Unit/Instituition: Universidade de São Paulo (USP)

Data limite para inscrições: 31/10/2018

Deadline for submissions: 2018-10-31

Publicado em: 02/08/2018

Publishing date: 2018-08-02

Localização: Rua Guaritá 47, Jardim Recreio, Ribeirão Preto

Locale: Rua Guaritá 47, Jardim Recreio, Ribeirão Preto

E-mail para inscrições: ggoldman@usp.br

E-mail for proposal submission: ggoldman@usp.br

  • Resumo Summary

    O projeto visa identificar determinantes genéticos envolvidos na adaptação do fungo filamentoso Aspergillus fumigatus ao ambiente do hospedeiro humano por meio de abordagens genômicas e transcriptômicas.

    O candidato deverá ter conhecimento das seguintes atividades:

    1) Análise comparativa de genomas de isolados clínicos de A. fumigatus e A. nidulans:

    a) Montagem de genomas;
    b) Anotação dos genomas;
    c) Análise de "single nucleotide point mutations (SNPs)".

    2) Análise de dados de RNA-seq:

    a) Pré-processamento dos dados;
    b) Análise de expressão diferencial.

    3) Análise da presença de motivos em regiões promotoras:

    a) Análise dos promotores de genes diferencialmente expressos para a extração de motivos;
    b) Análise de motivos de promotores presentes em bancos de dados.

    4) Análises filogenéticas:

    Seria interessante que o candidato tivesse alguma familiaridade com a análise de ChIp seq.

    The project aims to identify genetic determinants involved in the filamentous fungus Aspergillus fumigatus adaptation to the human host, through genomic and transcriptomic approaches. 

    The candidate must be familiar with the following activities:

    1) Comparative genome analysis of clinical isolates of A. fumigatus e A. nidulans:

    a) Genome assembly;
    b) Genome annotation;
    c) Analysis of "single nucleotide point mutations (SNPs)".

    2) Analysis of RNA-seq:

    a) Data pre-processing;
    b) Differential expression analysis.

    3) Analysis of the presence of motifs in promoter regions:

    a) Analysis of gene promoters of the genes differentially expressed aiming to extract motifs;
    b) Analysis of the promoters present in data banks.

    4) Phylogenetic analysis

    It would be interesting a possible knowledge about ChIp seq analysis.

    The fellowship is funded by the São Paulo Research Foundation-FAPESP.