Bolsa de PD em Filogenômica e Evolução

Post doctoral fellowship in Phylogenomics and Evolution

• Resumo Summary

  Encontram-se abertas as inscrições para uma vaga de pós-doutorado (dois anos) em Sistemática e Evolução no Departmento de Ciências Biológicas, Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz", Universidade de São Paulo, Brasil.
  
  1. Informações gerais
  1.1. Projeto temático: Sapindales: filogenia e diversificação na região neotropical (FAPESP: 14/18002-2).
  1.2. Sub-área do projeto de pós-doutorado: Filogenômica e evolução.
  1.3. Pesquisadores principais: José Rubens Pirani e Pedro Dias.
  1.4. Supervisor para este projeto: Pedro Dias.
  1.5. Instituição/Departmento: Universidade de São Paulo / Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" / Departmento de Ciências Biológicas.
  1.6. Bolsa: R$ 6.143,40 por mês.
  1.7. Reserva técnica de bolsa: destina-se à utilização em atividades desenvolvidas pelo bolsista, estritamente relacionadas com o projeto de pesquisa da bolsa, no período de vigência da mesma. O valor adicional é equivalente a 15% do valor anual da bolsa.
  1.8. Data limite para inscrição: 1 de abril de 2015.
  1.9. Divulgado: 9 de março de 2015.
  
  2. Descrição do projeto: "Filogenômica e evolução do clado Paullinieae-Thouinieae (Sapindaceae)"
  
  A maioria das espécies de Paullinieae e Thouinieae são lianas e suas relações filogenéticas dentro das Sapindaceae ainda são pouco conhecidas (dependendo do marcador molecular usado, podem surgir topologias diferentes). 
  
  Dessa forma, análises genômicas provavelmente representam uma ferramenta apropriada para 1) dirimir essas relações no nível genérico; 2) estabelecer circunscrições em nível de gênero e (se apropriado) de tribo para esse clado; e 3) entender a evolução de características-chaves dentro do clado. 
  
  Considerando que neste projeto será feita uma amostragem mundial, será possível entender os próprios padrões biogeográficos do clado como um todo. 
  
  Neste projeto será feito uso da tecnologia de sequenciamento da Illumina, assim como a montagem denovo (no nível genérico) e o mapeamento (no nível de espécie dentro de cada gênero).
  
  3. Atividades
  A bolsa faz parte de um projeto de pesquisa financiado pela FAPESP (2014/18002-2), o qual possui como instituição-sede a Universidade de São Paulo, sobre a filogenia e a diversificação das Sapindales na região neotropical. 
  
  As atividades a serem desenvolvidas incluem a manipulação de DNA (incluindo preparação e otimização de bibliotecas), o uso de programas para análise de qualidade das sequências, pipelines e scripts desenvolvidos por usuários (tanto em R como em Perl), análises filogenéticas e manipulação de árvores. 
  
  O bolsista também ajudará com a orientação de alunos (especialmente pós-graduação) e na escrita de manuscritos e propostas para financiamento por agências de fomento.
   
  As atividades seão realizadas no Laboratório de Sistemática Vegetal do Departamento de Ciências Biológicas da Escola Superior de Agricultura "Luiz de Quiroz" da Universidade de São Paulo, em Piracicaba.
  
  4. Requisitos
  Para concorrer à vaga, o candidato precisa:
  4.1. Ter título de doutor em Sistemática/Filogenética/Biologia Evolutiva ou áreas correlatas. O título não pode ter sido obtido há mais de dois anos da data limite para inscrição.
  4.2. Ter publicação com sistemática vegetal e filogenética (se em Sapindales, será um diferencial).
  4.3. Inglês fluente (fala e escrita) e disponibilidade para viajar para fora do país.
  4.4. Experiência com a preparação de bibliotecas para Illumina; manuseio de dados genômicos (treinamento prévio em montagem e anotação de genomas será considerado diferencial) e software (e.g., FastQC, IGV, SPAdes); filogenética, programas de análise filogenética (tais como Mesquite, PAUP*, RAxML), e NEXUS padrão e estendido; uso de scripts desenvolvidos por usuários (habilidades básicas de programação em, por e.x., Perl, Python or R será um diferencial) e comandos básicos de shell. Linux é obrigatório.
  4.5. Disponibilidade para iniciar as atividades tão logo a FAPESP aprove a seleção.
  * É vetada a inscrição de candidatos aposentados.
  
  5. Critérios para seleção
  Dentre os candidatos com inscrição aprovada, a seleção será feita de acordo com o mérito científico dos candidatos, a qualidade da tese de doutorado, habilidades pessoais, a intimidade do candidato com áreas de interesse para o projeto, habilidade de falar e escrever em inglês, habilidade analítica, criatividade, iniciativa, independência, trabalho em grupo e disposição para colaborações.
  
  Experiência prévia com Sapindales e conhecimento de teorias e métodos relevantes (sequenciamento de nova geração, montagem de genoma e análises filogenéticas) serão considerados fortes diferenciais. Experiências com trabalhos de campo e taxonômico serão consideradas como habilidades adicionais.
  
  Omissões neste edital serão resolvidas pelos pesquisadores principais do projeto temático, levando em conta as regras da FAPESP (www.fapesp.br/en/5427).
  
  6. Mais informações
  Por favor, escreva para Pedro Dias (pdias@usp.br) ou José R. Pirani (pirani@usp.br).
  
  7. A ser encaminhado para se candidatar
  7.1. Carta de intenção, com apresentação pessoal, de no máximo uma página A4, com as razões que fizeram você se inscrever.
  7.2. Curriculum vitae com lista de publicações (por favor, inclua os links DOI).
  7.3. Cópia de três publicações selecionadas. Cópia da tese de doutorado e do título de doutor ou ainda uma declaração com a data em que a tese será defendida (até 30 de junho de 2015).
  7.4. Fornecer nomes de duas referências pessoais que possam emitir juízo sobre você (com endereços de e-mail).
  
  Por favor, envie sua documentação (para inscrição) por e-mail (em formato PDF), marcada com "FAPESP 2014/18002-2 - PD2 - phylogenomics and evolution" no campo assunto, para pirani@usp.br e pdias@usp.br até o dia 1 de abril de 2015. 
  
  A análise da documentação e a seleção serão realizadas no dia 3 de abril de 2015, mas é possível que a data limite seja estendida até que a vaga seja preenchida.

  A two-year postdoctoral position in Systematics and Evolution is available in the Department of Biological Sciences, Luiz de Queiroz College of Agriculture, University of São Paulo, Brazil.
  
  1. General information
  1.1. Grant: Sapindales: phylogeny and diversification in the neotropical region (FAPESP: 14/18002-2).
  1.2. Project sub-discipline: Phylogenomics and evolution.
  1.3. Principal investigators: José Rubens Pirani and Pedro Dias.
  1.4. Supervisor for this project: Pedro Dias.
  1.5. Institution/Department: University of São Paulo / Luiz de Queiroz College of Agriculture / Department of Biological Sciences.
  1.6. Fellowship: R$ 6.143,40 per month (about US$ 2.134,46 - there are no taxes on fellowships in Brazil).
  1.7. Research contingency funds: intended for use in activities developed by the fellowship holder, strictly related to the fellowship research project, during the term of the fellowship. The additional funds are equivalent to 15 per cent of the annual value of the fellowship.
  1.8. Deadline for application: April 1, 2015.
  1.9. Published: March 9, 2015.
  
  2. Project description: "Phylogenomics and evolution of Paullinieae-Thouinieae clade (Sapindaceae)"
  
  Most representatives of Paullinieae and Thouinieae are lianas and their relationship within Sapindaceae are still unclear (depending on molecular markers, different phylogenetic relationships may emerge). 
  
  Thus, genome-wide analyses represent a promissing approach to: 1) understand these intricated relatioships at the genus level, 2) stablish genus- and (if appropriate) tribe-level circunscriptions for this clade, and 3) investigate the evolution of major morphological characters within the clade. 
  
  Based on a worldwide sampling, this project will also make possible to understand the biogeographical patterns of the clade. 
  
  This project will use Illumina sequencing technology and both de-novo (at the genus level) and mapping (species-level within each genus) assemblies.
  
  3. Tasks
  The position is part of a research project, supported by FAPESP (2014/18002-2) at University of São Paulo, on the phylogeny and diversification of the Sapindales in the Neotropical region. 
  
  The work includes DNA labwork (including library preparation and optimization), use of standard software for quality control, pipelines and user-developed scripts (in both R and Perl), phylogenetic analyses and tree handling. 
  
  The fellow will also help with supervision of student projects, article and grant writing. 
  
  The labwork will be conducted at the Plant Systematics Laboratory of the Department of Biological Sciences, at the Luiz de Queiroz College of Agriculture, University of São Paulo, in Piracicaba.
  
  4. Qualifications
  To be qualified for the postdoctoral position the applicant should have:
  4.1. PhD degree in Systematics/Phylogenetics/Evolutionary Biology or similar direction of studies. The PhD degree should have been received no more than two years before the deadline for applications.
  4.2. Publication record in plant systematics and phylogenetics (if in Sapindales, it will be a plus).
  4.3. Fluent English and availability to spend sometime abroad.
  4.4. Experience with Illumina library preparation; handling genomic data (previous training in genome assembly and annotation will be a plus) and software (e.g., FastQC, IGV, SPAdes); phylogenetics, phylogenetic analysis software (e.g., Mesquite, PAUP*, RAxML), standard and extended NEXUS; using user-developed scripts (basic programing skills in, e.g., Perl, Python or R will be a plus), and basic shell commands. Linux OS is mandatory.
  4.5. Availability to initiate working on the project as soon as FAPESP finishes documentation checking and approves the application.
  * Retired candidates are not allowed.
  
  5. Criteria for selection
  Among qualified applicants, selection is made according to scientific merits, quality of the PhD dissertation, personal skills, the applicant's documented knowledge in subjects of relevance for the research area, ability to master English language (both spoken and written), analytical ability, creativity, initiative, independence, teamwork and ability to cooperate. 
  
  Previous experience with Sapindales and knowledge of relevant theory and methods (next-generation sequencing, genome assembly, and phylogenetic analyses) weigh heavily. Experience with botanical fieldwork and taxonomic work are considered as additional qualifications.
  
  Omissions in this announcement will be decided by the PI of the FAPESP grant, safeguarding the rules established by FAPESP (www.fapesp.br/en/5427).
  
  6. More information
  Please contact Pedro Dias (pdias@usp.br) or José R. Pirani (pirani@usp.br).
  
  7. To be included in the application
  7.1. Maximum one A4-page of personal presentation and your reasons for applying (letter of intent).
  7.2. Curriculum vitae with publication list (please include DOI links).
  7.3. Copy of three selected publications. Copy of PhD dissertation and PhD degree certificate or date of scheduled defense (until June 30, 2015).
  7.4. A list of two persons who may act as references (with e-mail addresses).
  
  Please send your application, marked with "FAPESP 2014/18002-2 - PD2 - phylogenomics and evolution" in the subject field, to both pdias@usp.br and pirani@usp.br no later than April 1, 2015.
  
  Applications will be reviewed on April 3, 2015, but are also considered after this date until the position is filled.