Bolsa de PD em Biologia Molecular

Post doctoral fellowship in Molecular Biology

Nº: 767

Área de conhecimento: Genética

Field of knowledge: Genetics

Nº do processo FAPESP: 2014/04046-8

FAPESP process: 2014/04046-8

Título do projeto: Sistemas Regulatórios da Resposta Bacteriana a Estresses

Project title: Regulatory Networks of Bacterial Stress Response

Área de atuação: Biologia Molecular

Working area: Molecular Biology

Pesquisador responsável: Marilis do Valle Marques

Principal investigator: Marilis do Valle Marques

Unidade/Instituição: Universidade de São Paulo

Unit/Instituition: Universidade de São Paulo

Data limite para inscrições: 06/03/2015

Deadline for submissions: 2015-03-06

Publicado em: 04/02/2015

Publishing date: 2015-02-04

Localização: Universidade de São Paulo, São Paulo

Locale: Universidade de São Paulo, São Paulo

  • Resumo Summary

    O Laboratório de Genética e Fisiologia Bacteriana do Departamento de Microbiologia do Instituto de Ciências Biomédicas da USP tem uma vaga para pós-doutorado com bolsa da FAPESP, para atuar no desenvolvimento do Projeto Temático "Sistemas Regulatórios da Resposta Bacteriana a Estresses", dentro do subprojeto "Identificação de RNAs regulatórios em resposta à disponibilidade de ferro e seus mecanismos de ação". 

    O projeto tem como objetivo identificar os sinais ambientais, os sistemas de transdução de sinais e os mecanismos regulatórios importantes para o metabolismo de ferro da bactéria oligotrófica Caulobacter crescentus

    Essa bactéria Gram-negativa aquática está adaptada a viver em ambientes com baixíssimo teor nutricional e possui um ciclo de desenvolvimento com um passo de diferenciação celular, não usual em bactérias. 

    A homeostase de ferro e de outros metais redox-ativos é um ponto importante no controle do estresse oxidativo e deve ser estritamente regulada por diversos mecanismos. Além dos reguladores Fur e OxyR, pequenos RNAs regulatórios (sRNA) exercem controle sobre a expressão dos genes do metabolismo de ferro e serão o alvo de estudo neste projeto. 

    Pouco se sabe a respeito de RNAs regulatórios em C. crescentus e, até o momento, não foi descrito um sRNA nessa bactéria envolvido na homeostase de ferro. 

    Neste projeto propomos identificar possíveis sRNAs de resposta à carência de ferro utilizando metodologias de análise global de expressão gênica por transcriptômica e proteômica. 

    Uma análise global do transcriptoma de C. crescentus em carência de ferro será realizada por meio de sequenciamento de RNA total utilizando plataforma de sequenciamento de larga escala, e linhagens mutantes para o(s) sRNA(s) identificado(s) e para genes codificando ribonucleases serão construídas. 

    Os alvos de regulação via modulação traducional pelo sRNA serão identificados por eletroforese bidimensional seguida de espectrometria de massa para identificar as proteínas com síntese afetada na linhagem mutante. 

    Os candidatos deverão ter concluído o doutorado na área de Biologia ou áreas correlatas há menos de cinco anos e não ter vínculo empregatício, para se dedicar exclusivamente ao projeto. Além disso, é desejável ter experiência em Biologia Molecular e Genética bacterianas. 

    A bolsa tem dois anos de duração. Os interessados podem se candidatar até 06 de março de 2015.

    Os documentos necessários para a inscrição são: carta de interesse, currículo vitae (pode ser Curriculo Lattes) contendo a lista de publicações, cópia da tese de doutorado (em PDF) e duas cartas de recomendação. Eles devem ser enviados, via e-mail, à coordenadora do projeto, Marilis Marques (mvmarque@usp.br).

    The Bacterial Genetics and Physiology Lab in the Department of Microbiology of the University of São Paulo, Brazil, has one Post-Doc position opened with a fellowship available from FAPESP to develop the project "Identification of small regulatory RNAs responding to iron and their mechanism of action", part of the Thematic Project "Regulatory Networks Of Bacterial Stress Response". 

    The project aims to identify the environmental signals, the signal transducing systems and the regulatory mechanisms important for iron metabolism in the oligotrophic bacterium Caulobacter crescentus

    This Gram-negative aquatic bacterium is well adapted to live in very low nutritional levels and has a developmental cycle with a differentiation step that is unusual in bacteria. 

    Iron homeostasis, as well as that of other redox-active metals, are important to control oxidative stress, and must be strictly regulated by diverse mechanisms. Besides the known regulators Fur and OxyR, small regulatory RNAs (sRNAs) control the expression of iron metabolism genes, and will be studied in this project. 

    Very little is known about sRNAs in C. crescentus and no sRNA involved in iron homeostasis has been described so far. 

    In this project we propose to identify possible sRNAs responding to low iron concentration via global gene expression analyses by transcriptomics and proteomics. 

    A global transcriptomics analysis of iron-starved C. crescentus will be carried out by total RNA sequencing in a high throughput sequencing platform, and mutant strains for the identified sRNAs and for RNAses will be generated. 

    The targets of translational regulation will be identified via 2D electrophoresis and mass spectrometry to identify proteins whose synthesis is affected in the mutants. 

    Candidates must have finished the PhD in Biology or similar areas for no longer than 5 years, and must not have job attachments elsewhere, to dedicate themselves exclusively to the project. Moreover, it is desirable to have experience in bacterial Molecular Biology and Genetics. 

    The fellowship has duration of two years, and candidates may apply until March 6th, 2015. 

    Documents necessary for application are: letter stating the interest in the position, Curriculum Vitae with a list of scientific publications, copy of the PhD Thesis (in PDF) and two recommendation letters. They should be sent by email to the project coordinator, Prof. Marilis Marques (mvmarque@usp.br).

    This opportunity is open to candidates of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP's Post-Doctoral fellowship in the amount of R$ 6,143.40 (around 2,600 USD) monthly and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.
     
    More information about the fellowship is at: www.fapesp.br/en/5427.