Bolsa de PD em Biologia do Desenvolvimento

Post doctoral fellowship in Developmental Biology

Nº: 729

Área de conhecimento: Zoologia

Field of knowledge: Zoology

Nº do processo FAPESP: 2011/03171-5

FAPESP process: 2011/03171-5

Título do projeto: Análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera - genes reguladores e redes hierárquicas de expressão gênica na especificação de tecidos e órgãos

Project title: Causal analysis of Apis mellifera development – regulatory genes and hierarchical networks of gene expression in the specification of tissues and organs

Área de atuação: Biologia do Desenvolvimento

Working area: Developmental Biology

Pesquisador responsável: Zilá Luz Paulino Simões

Principal investigator: Zilá Luz Paulino Simões

Unidade/Instituição: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto/ Universidade de São Paulo

Unit/Instituition: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto/ Universidade de São Paulo

Data limite para inscrições: 18/11/2014

Deadline for submissions: 2014-11-18

Publicado em: 04/11/2014

Publishing date: 2014-11-04

Localização: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto

Locale: Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto

  • Resumo Summary

    O laboratório de Biologia do Desenvolvimento de Abelhas da Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto - USP tem uma vaga em aberto para Bolsa de Pós-Doutorado da FAPESP na área de Biologia Molecular e Bioinformática. 

    A bolsa está vinculada ao projeto Temático 2011/03171-5, coordenado por Zilá Luz Paulino Simões, intitulado "Análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera - genes reguladores e redes hierárquicas de expressão gênica na especificação de tecidos e órgãos".

    O Projeto Temático envolve a análise ampla de processos do desenvolvimento de Apis mellifera e para isto utiliza protocolos de última geração tais como: análise de microarranjos de DNA, análise de hidrocarbonetos cuticulares, análise de proteoma e análise de bibliotecas de RNA mensageiros e micro RNAs obtidas por sequenciamento de última geração. 

    Para validação dos resultados dessas análises globais são utilizadas análise de expressão gênica em tempo real, silenciamento gênico e análise de imagens de microscopia confocal e fluorescência. 

    Espera-se que o candidato desenvolva ferramentas para análise de dados de sequenciamento de última geração, RNA-Seq (microRNA e mRNA), organize um Sistema de Gerenciamento de Banco de Dados Relacional (SGBDR) (PostgreSQL3 ou MySOL), proceda análise de qualidade dos sequenciamentos (FastQ4, Cutadapt, PrinSeq), proceda o alinhamento ao Genoma de Referência (blast, blat, BWA, TopHat) e avalie os níveis de expressão nas diferentes bibliotecas (Cufflinks, DESeq) entre outros. 

    Para integração dos dados, os programas deverão ser desenvolvidos usando a linguagem Perl, R, incluindo bibliotecas para análise de dados biológicos, BioPerl e Bioconductor. 

    O candidato ideal deve ter Ph.D. em bioinformática, ciência da computação, genética ou em estatística com uma sólida formação em pelo menos uma das outras áreas. O candidato aprovado deve possuir currículo comprovado com trabalhos publicados que demonstrem capacitação para atuar no desenvolvimento do projeto e deve dedicar-se integralmente e exclusivamente às atividades do projeto. 

    Além de conduzir análises, o pós-doutor deverá co-orientar alunos e envolver-se em colaborações internacionais e interagir com outros grupos de pesquisa na área. 

    A bolsa tem valor de R$ 6.143,00 / mês e duração de 08 meses. Os candidatos devem enviar para zlpsimoe@usp.br até 18 de novembro de 2014, os seguintes documentos: 

    a) Uma carta de interesse, 
    b) Curriculum vitae incluindo uma lista de publicações, 
    c) Informações de contato (e-mail, telefone) de dois profissionais que podem fornecer cartas de recomendação.

    The Laboratory of Developmental Biology of Bees at the University of São Paulo in Ribeirão Preto has a Postdoctoral fellowship available, financed by the São Paulo Research Foundation - FAPESP.

    It is associated with the project "Causal analysis of Apis mellifera development – regulatory genes and hierarchical networks of gene expression in the specification of tissues and organs", coordinated by Prof. Dr. Zilá Luz Paulino Simões. 

    This project involves broad-scale analyses of developmental processes in Apis mellifera by means of last generation protocols such as: analysis of DNA microarrays, analysis of cuticular hydrocarbons, proteomics analyses, analyses of messenger RNA and micro RNA libraries obtained through next-generation sequencing methodologies. 

    For the validation of the results of the broad-scale analyses, real-time analysis of gene expression, silencing of gene functions and image analysis using confocal and fluorescence microscopy are to be performed. 

    The candidate is expected to develop tools for analyzing next-generation sequencing data, i.e. RNA-Seq (microRNA and mRNA), to organize a management system for relational databases (PostgreSQL3), to carry out quality analyses of sequencing reads (FastQ4, Cutadapt, PrinSeq), to run alignments to a reference genome (TopHat), and to evaluate gene expression levels in different libraries (Cufflinks, DESeq), amongst others. 

    For the integration of data, the respective programs should be developed in Perl, R (BioPerl, Bioconductor). 

    Candidates must have a doctoral degree and experience in molecular biology techniques related to the above mentioned protocols. The candidate must have a curriculum with published works that demonstrate his/her capacity to develop the respective project. 

    Besides performing the analyses it is expected that the postdoctoral fellow participates in the supervision of students and in international collaborations, as well as interaction with other research groups active in the field. 

    Candidates should be fluent in English and, preferentially, have an experience in laboratories abroad. Knowledge of Portuguese is also a requisite, but is not a decisive criterion in the selection process. 

    The value of the fellowship is R$ 6.143,00 per month (approximately equivalent to 2,500 US$) with a duration of up to 08 months. 

    Candidates must send the following documents to zlpsimoe@usp.br until November 18, 2014: 

    a) a letter of interest, 
    b) a Curriculum Vitae which includes a list of publications, 
    c) contact information (e-mail, phone) for two professionals who can provide letters of recommendation. 

    More information on FAPESP postdoctoral fellowships is available at www.fapesp.br/en/5427

    For further information, please contact: 
    Prof. Dr. Zilá Luz Paulino Simões 
    Departamento de Biologia, FFCLRP-USP 
    Av. Bandeirantes 3900 14040-901 
    Ribeirão Preto, SP Brazil