Bolsa de PD em Bioinformática

Post doctoral fellowship in Bioinformatics

Nº: 604

Área de conhecimento: Biologia Geral

Field of knowledge: General biology

Nº do processo FAPESP: 13/08293-7

FAPESP process: 13/08293-7

Título do projeto: Montagem e análises comparativas de genomas dos fungos fitopatógenos Moniliophthora (Agaricales, Basidiomycota) obtidos por sequenciamento de larga escala, usando métodos computacionais de alta performance

Project title: Assembly and comparative analysis of plant pathogen fungus Moniliophthora (Agaricales, Basidiomycota) genomes obtained by high throughput sequencing, using high performance computing methods

Área de atuação: Bioinformática

Working area: Bioinformatics

Pesquisador responsável: Gonçalo A. Guimarães Pereira

Principal investigator: Gonçalo A. Guimarães Pereira

Unidade/Instituição: IB/UNICAMP

Unit/Instituition: IB/UNICAMP

Data limite para inscrições: 05/05/2014

Deadline for submissions: 2014-05-05

Publicado em: 17/04/2014

Publishing date: 2014-04-17

Localização: IB,,

Locale: IB,,

  • Resumo Summary

    O grupo de bioinformática do Laboratório de Genômica e Expressão possui uma vaga para pesquisador de pós-doutorado em projeto integrante do CEPID CECC - Centro de Engenharia e Ciências Computacionais (Unicamp). 

    O projeto propõe o uso de análises computacionais de alta performance para identificar grupos gênicos que estejam relacionados com a evolução da fitopatogenicidade em fungos patógenos do cacaueiro e seus mecanismos evolutivos subjacentes. 

    O plano de trabalho prevê a montagem, predição gênica, análise genômica comparada, e análises evolutivas (filogenéticas, testes de modelos de evolução). 

    Para tal, espera-se que o candidato(a) que tenha interesse neste projeto e bolsa PD possua os seguintes requisitos: 

 

    1. Título de Doutor na área de Genética, Biologia Molecular, Evolução ou áreas afins; 

 

    2. Sólida experiência em análises computacionais relacionadas a estudos genômicos, incluindo montagem de genomas e predições de genes; 

    3. Sólida experiência em reconstrução filogenética com dados moleculares, análises filogenéticas comparativas, e detecção de seleção natural na sequência de DNA; 

    4. Dedicar-se integralmente às atividades do projeto. 

 

    É desejável que o candidato(a) tenha conhecimento da linguagem de programação PERL. Espera-se também que o bolsista selecionado, além de realizar as pesquisas previstas neste projeto, possa auxiliar o nosso grupo de pesquisa na formação de recursos humanos, através de orientação no nível de Iniciação Científica (IC) e co-orientação de pós-graduação. 

 

    Documentação para inscrição: carta de apresentação em que o candidato justifique seu interesse no projeto; súmula curricular nos moldes FAPESP (www.fapesp.br/5266); cópia do diploma de doutorado; nomes e e-mails de dois profissionais para referências. 

 

    Os candidatos deverão enviar a documentação para o Prof. Dr. Gonçalo A. Guimarães Pereira até dia 05/05/2014 por e-mail: gonçalo@unicamp.br.

    Mais informações sobre o CEPID: http://cepid.fapesp.br/centro/13/.  

    A postdoctoral position is available in the Lab of Genomics and Expression (www.lge.ibi.unicamp.br/cgi-bin/pagina/index.cgi) of the Biology Institute at UNICAMP – Brazil. 

    The project is part of a fellow for a Center for Computational Science and Engineering that is being implemented at UNICAMP (http://cepid.fapesp.br/en/centro/13/). 

    The goal of this project is to apply high performance computing methods to assembly genomes and identify gene families related to the evolution of plant pathogenicity on fungus responsible for important diseases in cacao. 

    Requirements - Qualifications and experience:

    1. Complete PhD in genetics, molecular biology, evolution or related areas; 

 

    2. Strong experience in computational analysis for genomic studies, including genome assembly and gene prediction; the candidate should also be familiar with methods to access online data repositories and knowledge of Perl may be advantageous; 

    3. Strong experience in phylogenetic analysis with molecular data, phylogenetic comparative analysis and the detection of natural selection on the DNA sequence. 

    Applicant should have the ability to work independently as well as in coordination with internal and external collaborators, should have the capacity to solve technical and scientific problems. 

    The postdoc should have demonstrated capacity to plan, execute, and summarize the work for preparation of reports and publications. Good communication and presentation skills and fluency in Portuguese or English are expected. Candidate should be receptive to advising students. 

    PLACE: Campinas, São Paulo, Brazil. 
    HOW TO APPLY: Please send the following items to Prof. Dr. Gonçalo A. Guimarães Pereira (gonçalo@lge.ibi.unicamp.br): cover letter presenting the interest on this project, CV, PhD certificate and 2 names/e-mails of professionals for reference.
    DEADLINE: Closing Date - 5 May 2014.