Bolsa de PD em Ecologia Microbiana e Bioinformática

Post-doctoral fellowship in Microbial Ecology and Bioinformatics

• Resumo Summary

  Título do Projeto PD: Avaliações taxonômica e funcional da comunidade microbiana envolvidas na ciclagem do metano nos solos da Amazônia brasileira.
  
  Escopo do Projeto PD: Esta proposta visa estudar Bacteria/Archaea envolvidas no consumo/emissão de metano em solos sob diferentes usos da terra em comparação com a floresta natural. Estamos investigando vários recursos metabólicos por meio da modelagem in silico e integração funcional de dados -omics. A avaliação das frações funcionais das comunidades será mediada pela análise SIP (Stable Isotope Probing) e também pelo isolamento de organismos envolvidos no ciclo do metano. Com base em ambos os recursos, o DNA/RNA e os isolados marcados com SIP servirão para a reconstrução metabólica, gerando um conjunto inovador de dados de genes ativos e presentes em solos sob diferentes usos. A integração de tais dados com outras dimensões da biodiversidade na Amazônia pode levar a um modelo, cujo potencial preditivo será validado contra um conjunto de taxas de crescimento determinadas experimentalmente e dados fenotípicos de crescimento. Além disso, a integração de evidências a partir de dados proteômicos, fenômicos, fisiologia e modelagem metabólica nos permitirá revelar possíveis interferências nas mudanças dependentes de metano por meio da expressão gênica na rede metabólica global do ciclo de metano. Este estudo trará uma plataforma valiosa para pesquisas futuras sobre os estados funcionais celulares bacterianos para os processos microbianos de consumo/emissão de metano.
  
  Requisitos: O pós-doutor deve apresentar conhecimento prévio em microbiologia ou áreas correlatas e também ter habilidades em análises independentes da cultura de comunidades microbianas, como extração de DNA/RNA, sequenciamento de DNA, bioinformática, modelagem e análises estatísticas. Assim, é extremamente desejável que o pós-doutor apresente conhecimento em software e plataformas para análises em larga escala (MG-RAST, QIIME, IMG/M, entre outros) e também conhecimentos em diferentes linguagens computacionais como Python, Unix E R para análises estatísticas e modelagem. O pós-doutor será envolvido em todas as etapas da aquisição de dados microbiológicos, usando 12CH4 e 13CH4, incluindo a participação em expedições. A proficiência em português e inglês é desejável porque facilitará a interação com outros alunos e técnicos nacionais e estrangeiros, que já estão trabalhando no projeto. Também é reconhecida a capacidade de inovação no trabalho inicialmente proposto.
  
  Aplicação: As submissões serão feitas exclusivamente por e-mail, com a documentação anexada, e devem ser encaminhadas para a Prof. Dr. Tsai Siu Mui (tsai@cena.usp.br), até 14 de julho de 2017. Para aplicação, anexe ao e-mail: i) Carta de motivação, ii) Duas cartas de referência, iii) Curriculum com artigos publicados e evidenciando as habilidades para conduzir o projeto, iv) Resumo da tese de doutorado.
  
  Seleção: A seleção será feita principalmente com base no currículo dos candidatos, e ainda pelo processo de entrevista pessoal (máximo de 5 candidatos selecionados para este estágio), no qual as habilidades nas questões serão verificadas e outros pontos comuns serão discutidos.
  
  Resultado da seleção: 21 de julho de 2017.
  Data de início: 1 de agosto de 2017 (duração de 2 anos).
  
  Mais informações sobre a concessão podem ser obtidas em www.fapesp.br/270.

  Project Title: Taxonomical and Functional Activities of the Microbial Communities Involved in Methane Cycling in Soils of the Brazilian Amazonia.
  
  Project Scope: This proposal aims at studying Bacteria/Archaea involved in consumption/emission of methane in soils under different land uses in comparison with natural forest. We will investigate several metabolic features through in silico modeling and functional integration of -omics data. The assessment of functional fractions of communities will be mediated by SIP (Stable Isotope Probing) analysis and also by isolation of organisms involved in methane cycling. Based on both resources, SIP-labeled DNA and isolates will serve to metabolic reconstruction, generating an innovative dataset of active genes on soils under different uses. The integration of such data with other dimensions of biodiversity in Amazonia might lead to a model, whose predictive potential will be validated against a set of experimentally determined growth rates and growth phenotypic data. Furthermore, evidence synthesis from proteomics, phenomics, physiology and metabolic modeling data will allow us to reveal possible drawbacks of methane-dependent changes in gene expression on the overall metabolic network of the methane cycling. This study will bring a valuable platform for further investigations on the bacterial cellular functional states for the methane consumption/emission microbial processes.
  
  Desirable Skills: In order to attend this demand, the post-doc researcher should present familiarity with microbiology or correlated areas, and also have skills on culture-independent analyses of microbial communities, DNA extraction, sequencing, bioinformatics, modeling and statistical analyses. Thus, it is extremely desirable that the post-doc researcher already present considerable knowledge in software and platforms for High-throughput (MG-RAST, QIIME, IMG/M, among others), and also expertise in different computational languages as Python, Unix, and R for statistical analyses and modeling. The post-doc researcher will be involved in all steps of acquiring microbiological data, using 12CH4 and 13CH4, including the participation in expeditions. The proficiency in Portuguese and English is desirable because it will facilitate the interaction with other students already working on the project. It is also recognized the capacity for innovation within the initially proposed work.
  
  How to Apply: Applications will be made exclusively by e-mail, with the documentation attached. Applications should be directed to Prof. Dr. Siu Mui Tsai (tsai@cena.usp.br) until July 14th, 2017. For application, please attach to the e-mail: i) Motivation letter, ii) Two reference letters, iii) Curriculum with published articles and evidencing the abilities to conduce the project, iv) Abstract of the PhD thesis.
  
  Selection: The selection will be made primarily based on the curriculum of the candidates, and further by the personal interviewing process (maximum of 5 candidates selected for this stage), where the abilities in the issues will be verified and also other commonalities will be discussed.
  
  Result of Selection: July 21th, 2017.
  Starting Date: August 1st, 2017 (duration of 2 years).
  
  This opportunity is open to candidates of any nationalities. The selected candidate will receive a FAPESP's Post-Doctoral fellowship in the amount of R$ 6.819,30 monthly and a research contingency fund, equivalent to 15% of the annual value of the fellowship which should be spent in items directly related to the research activity.
  
  More information about the fellowship is at: www.fapesp.br/en/5427.