Ano:
| MODALIDADE | 2011 | % | 2011 | % |
| BOLSAS | ||||
| Bolsas no País | 299.172.480,65 | 31,87 | 178.610.436,21 | 31,87 |
| Bolsas no Exterior | 6.624.072,47 | 0,70 | 3.954.670,13 | 0,70 |
| Novas Fronteiras | 311.802,35 | 0,03 | 186.150,66 | 0,03 |
| Bolsas no Exterior - Estagio de Pesquisa (BEPE) | 218.784,00 | 0,02 | 130.617,31 | 0,02 |
| TOTAL DE BOLSAS | 306.327.139,47 | 32,62 | 182.881.874,31 | 32,62 |
| AUXÍLIOS REGULARES | ||||
| Linha Regular de Auxílio à Pesquisa | 258.502.874,30 | 27,53 | 154.330.074,21 | 27,53 |
| PROJETOS TEMÁTICOS | 75.438.335,31 | 8,03 | 45.037.812,13 | 8,03 |
| SUBTOTAL | 333.941.209,61 | 35,56 | 199.367.886,34 | 35,56 |
| PROGRAMAS ESPECIAIS | ||||
| Jovens Pesquisadores | 28.265.011,22 | 3,01 | 16.874.633,56 | 3,01 |
| Ensino Público | 547.671,23 | 0,06 | 326.967,90 | 0,06 |
| MídiaCiência | 66.449,05 | 0,01 | 39.671,07 | 0,01 |
| Capacitação Técnica | 7.701.444,09 | 0,82 | 4.597.877,07 | 0,82 |
| ICJ/CNPq | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Pronex/CNPq | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| PPP/CNPq | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| "Programa ""CInAPCE""" | 1.184.232,62 | 0,13 | 707.004,55 | 0,13 |
| Apoio à Infra-Estrutura de Pesquisa | 171.094.238,43 | 18,23 | 102.145.813,99 | 18,23 |
| Apoio à Infra-Estrutura | 11.755.371,92 | 1,25 | 7.018.132,49 | 1,25 |
| Rede ANSP | 19.475.624,67 | 2,07 | 11.627.238,61 | 2,07 |
| Programa Equipamentos Multiusuários | 91.828.576,08 | 9,78 | 54.823.030,50 | 9,78 |
| Programa FAP-Livros | 12.564.013,62 | 1,34 | 7.500.903,65 | 1,34 |
| Reserva Técnica para Infra-Estrutura Institucional de Pesquisa | 31.606.157,60 | 3,37 | 18.869.347,82 | 3,37 |
| Reserva Técnica para Conectividade à Rede ANSP | 3.615.760,72 | 0,39 | 2.158.663,12 | 0,39 |
| Reserva Técnica para Coordenação de Programa | 248.733,82 | 0,03 | 148.497,80 | 0,03 |
| SUBTOTAL | 208.859.046,64 | 22,26 | 124.691.968,14 | 22,26 |
| PESQUISA PARA INOVAÇÃO TECNOLÓGICA | ||||
| Biotecnologia Molecular: Genoma | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Biotecnologia/Biodiversidade: Biota | 9.967.895,97 | 1,06 | 5.950.982,67 | 1,06 |
| Pesquisa em Políticas Públicas | 3.880.016,56 | 0,42 | 2.316.427,80 | 0,42 |
| Políticas Públicas | 1.566.122,62 | 0,17 | 934.998,58 | 0,17 |
| Sistema Integrado de Hidrometeorologia do Estado de São Paulo (Sihesp) | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Parques Tecnológicos do Estado de São Paulo | 0,00 | 0,00 | ||
| Parques Tecnológicos do Estado de São Paulo 2 | 0,00 | 0,00 | ||
| Pesquisa em Centros de Ciências - Fundação Vitae | 188.197,55 | 0,02 | 112.356,75 | 0,02 |
| Pesquisa em Políticas Públicas - SUS | 2.125.696,39 | 0,23 | 1.269.072,47 | 0,23 |
| Centros de Pesquisa, inovação e Difusão (Cepid) | 28.965.947,74 | 3,09 | 17.293.103,13 | 3,09 |
| Pesquisa em Parceria para Inovação Tecnológica | 1.464.366,35 | 0,16 | 874.248,57 | 0,16 |
| Pesquisa em Parceria para Inovação Tecnológica (PITE) | 1.364.401,68 | 0,15 | 814.568,17 | 0,15 |
| Consórcios Setoriais para Inovação Tecnológica (ConSITec) | 0,00 | 0,00 | 0,00 | 0,00 |
| Pesquisa EM Parceria para Inovação Tecnológica - SUS (PITE-SUS) | 99.964,67 | 0,01 | 59.680,40 | 0,01 |
| Pesquisa para Inovação Tecnológica em Pequena e Micro Empresa | 11.301.654,43 | 1,20 | 6.747.256,37 | 1,20 |
| Pesquisa Inovativa na Pequena e Micro Empresa (PIPE) | 11.215.654,43 | 1,19 | 6.695.913,09 | 1,19 |
| PIPE fase 3: PAPPE/FINEP | 86.000,00 | 0,01 | 51.343,28 | 0,01 |
| Finep Subvenção | ||||
| Apoio a Propriedade Intelectual/PAPI - NUPLITEC | 715.282,97 | 0,08 | 427.034,61 | 0,08 |
| Tecnologia da Informação no Desenv.da Internet Avançada (TIDIA) | 11.613,44 | 0,00 | 6.933,40 | 0,00 |
| Pesquisa em Bioenergia (Bioen) | 11.629.165,18 | 1,24 | 6.942.785,18 | 1,24 |
| Pesquisa sobre Mudanças Climáticas Globais | 21.674.110,72 | 2,31 | 12.939.767,59 | 2,31 |
| SUBTOTAL | 89.610.053,36 | 9,56 | 53.498.539,32 | 9,56 |
| TOTAL DE AUXÍLIOS | 632.410.309,61 | 67,38 | 377.558.393,80 | 67,38 |
| TOTAL GERAL | 938.737.449,08 | 100,00 | 560.440.268,11 | 100,00 |