| Institutos Nacionais de Ciência e Tecnologia em São Paulo | ||||
| Instituto | Coordenador | Estado | Cidade | Instituição |
| INCT de Análise Integrada do Risco Ambiental | Paulo Hilário Nascimento Saldiva | SP | São Paulo | USP |
| INCT de Astrofísica | João Evangelista Steiner | SP | São Paulo | USP |
| INCT de Bioanalitica | Lauro Tatsuo Kubota | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT em Biofabricação | Rubens Maciel Filho | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT de Biotecnologia Estrutural e Química Medicinal em Doenças Infecciosas | Glaucius Oliva | SP | São Carlos | USP |
| INCT de Biotecnologia para o Bioetanol | Marcos Silveira Buckeridge | SP | São Paulo | USP |
| INCT de Células-Tronco em Doenças Genéticas Humanas | Mayana Zatz | SP | São Paulo | USP |
| INCT em Células-Tronco e Terapia Celular | Roberto Passetto Falcão | SP | Ribeirão Preto | USP |
| INCT de Ciências dos Materiais em Nanotecnologia | Elson Longo | SP | Araraquara | Unesp |
| INCT sobre Comportamento, Cognição e Ensino | Deisy das Graças de Souza | SP | São Carlos | UFSCar |
| INCT de Controle Biorracional de Insetos Pragas | Maria Fátima das Graças Fernandes da Silva | SP | São Carlos | UFSCar |
| INCT de Eletrônica Orgânica | Roberto Mendonça Faria | SP | São Carlos | USP |
| INCT em Engenharia da Irrigação | José Antonio Frizzone | SP | Piracicaba | USP |
| INCT de Estudos da Metrópole | Nadya Araújo Guimarães | SP | São Paulo | USP |
| * INCT de Estudos do Espaço | Sergio Frascino Muller de Almeida e José Renan de Medeiros | SP e RN | São José dos Campos | ITA/UFRN |
| INCT de Estudos do Meio Ambiente | Claudio Augusto Oller do Nascimento | SP | São Paulo | USP |
| INCT para Estudos sobre os Estados Unidos | Tullo Vigevani | SP | São Paulo | Unesp |
| INCT de Fotônica Aplicada a Biologia Celular | Hernandes Faustino de Carvalho | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT de Fluidos Complexos | Antonio Martins Figueiredo Neto | SP | São Paulo | USP |
| INCT Fotônica para Comunicações Ópticas (FOTONICOM) | Hugo Luis Fragnito | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT de Genômica para Melhoramento de Citros | Marcos Antonio Machado | SP | Cordeirópolis | Instituto Agronômico de Campinas |
| INCT do HPV | Luisa Lina Villa | SP | São Paulo | Faculdade de Ciências Médicas da Santa Casa de São Paulo |
| INCT dos Hymenoptera Parasitóides da Região Sudeste Brasileira (Hympar/Sudeste) | Angélica Maria Penteado Martins Dias | SP | São Carlos | UFSCar |
| INCT em Informação Quântica | Amir Ordacgi Caldeira | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT de Investigação em Imunologia (iii) | Jorge Elias Kalil Filho | SP | São Paulo | USP |
| INCT em Materiais Complexos Funcionais | Fernando Galembeck | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT em Metrologia das Radiações na Medicina | Linda Viola Ehlin Caldas | SP | São Paulo | Instituto de Pesquisas Energéticas e Nucleares |
| INCT para Mudanças Climáticas | Carlos Afonso Nobre | SP | São José dos Campos | Instituto Nacional de Pesquisas Espaciais |
| INCT de Obesidade e Diabetes | Mário José Abdalla Saad | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT em Oncogenômica | Luiz Paulo Kowalski | SP | São Paulo | Hospital do Câncer A. C. Camargo |
| Instituto Nacional de Óptica e Fotônica | Vanderlei Salvador Bagnato | SP | São Carlos | USP |
| INCT de Neurociência Translacional | Esper Abrão Cavalheiro | USP | São Paulo | Unifesp |
| INCT de Pesquisas em Fisiologia Comparada | Augusto Shinya Abe | SP | Rio Claro | Unesp |
| INCT de Políticas Públicas do Álcool e Outras Drogas | Ronaldo Ramos Laranjeira | SP | São Paulo | USP |
| INCT de Processos Redox em Biomedicina - Redoxoma | Ohara Augusto | SP | São Paulo | USP |
| INCT de Psiquiatria do Desenvolvimento para Crianças e Adolescentes | Euripedes Constantino Miguel | SP | São Paulo | USP |
| INCT do Sangue | Fernando Ferreira Costa | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT de Semioquímicos na Agricultura | José Roberto Postali Parra | SP | Piracicaba | USP |
| INCT de Sistemas Embarcados Críticos | José Carlos Maldonado | SP | São Carlos | USP |
| INCT de Sistemas Micro e Nanoeletrônicos (NAMITEC) | Jacobus Willibrordus Swart | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT de Técnicas Analíticas Aplicadas a Exploração de Petróleo e Gás (INCT-Petrotec) | Colombo Celso Gaeta Tassinari | SP | São Paulo | USP |
| INCT de Tecnologias Analíticas Avançadas | Celio Pasquini | SP | Campinas | Unicamp |
| INCT em Toxinas | Osvaldo Augusto Brazil Esteves Sant’anna | SP | São Paulo | USP |
| INCT Violência, Democracia e Segurança Cidadã | Sérgio França Adorno de Abreu | SP | São Paulo | USP |
(*) Resultado da fusão das propostas de INCT de Tecnologias Espaciais (ITA) e INCT de Ciências do Espaço (UFRN).